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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 怎么分析全基因序列分析后的的蛋白质氨基酸残留位点？
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pf2012

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎么分析全基因序列分析后的的蛋白质氨基酸残留位点？

本人最近在分析了流感病毒的全基因序列后，看到其他文献除了分析进化树外，还分析了HA、NA、NS、PA等蛋白质重要氨基酸残留位点，想请教各位前辈该怎么分析，谢谢！
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1楼 2016-04-01 18:05:47
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jackyoung

新虫 (正式写手)
这得是个多么拗口的东西……如果是你表述不准确，还请贴个上下文，至少是全称，就那几个字母和你那么拗口的表述真的是没sei能帮你了………

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CestLaVie
2楼2016-04-01 18:42:50
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pf2012

新虫 (初入文坛)
好的，谢谢提醒。
本人最近对流感病毒的一种亚型进行了基因测序，可以进行全基因组分析，参考一部分文献后，发现一般进行全基因序列分析主要是从进化树和蛋白质（HA、NA、NS、PA等）氨基酸残留位点进行分析，所以，想请教前辈这个氨基酸残留位点该怎么分析？如下表，是怎么分析的，谢谢
Virus        HA*                                                  NA
        Receptor binding  site        Cleavage site          Stalk deletions
        109 161        163 191        198 202        203 333-341            258        392          63-65
        Y    W         T   N         T   L        Y   RSSRGLF             K         V          Yes
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3楼2016-04-01 20:21:49
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Cathering_w

新虫 (正式写手)
通常会找些已经表征了的同源性高的基因的文献，参照他们的氨基酸分析结果对自己的进行分析

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博士终于毕业了，未来还有什么困难能难得倒我呢！加油我得未来。
4楼2016-04-01 22:31:50
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pf2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by Cathering_w at 2016-04-01 22:31:50
通常会找些已经表征了的同源性高的基因的文献，参照他们的氨基酸分析结果对自己的进行分析

谢谢。你的意思是这些位点都是先从文献中找吗？然后怎么分析呢？是分析文献中的基因和自己的结果是不是有不同？
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5楼2016-04-02 14:15:19
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Cathering_w

新虫 (正式写手)
按同源性高的去分析，因为你自己没办法确定，建议你多看看相关文献就会了解

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博士终于毕业了，未来还有什么困难能难得倒我呢！加油我得未来。
6楼2016-04-02 18:09:20
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Cathering_w

新虫 (正式写手)
看些生物信息学的蛋白质结构的方面的文献

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博士终于毕业了，未来还有什么困难能难得倒我呢！加油我得未来。
7楼2016-04-02 18:10:12
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pf2012

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by Cathering_w at 2016-04-02 18:10:12
看些生物信息学的蛋白质结构的方面的文献

好的，谢谢你！
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8楼2016-04-02 19:28:04
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Cathering_w

新虫 (正式写手)
如果英文不懂就看些关于酶结构的硕博论文

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博士终于毕业了，未来还有什么困难能难得倒我呢！加油我得未来。
9楼2016-04-02 19:48:53
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