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利用NAMD模拟金属配合物在有机溶液中的作用经验 已有1人参与
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最近小弟想做MD模拟，鉴于功能强大，分析可拓展性。所以一直在学习NAMD，基本上挨个把tutorials做个遍。下面打算做自己的体系： 即金属有机配合物在有机溶剂中的运动轨迹。 但是对于生物蛋白等大分子NAMD是很强大的，但是对于像我这样的金属配位小分子，甚至是四氢呋喃这样的小分子溶剂都不是很容易。 通过查看历史大家的宝贵经验，我总结的计算经验如下： 1. 首先用Gaussian计算金属配位小分子及溶剂分子。计算得到的out文件转成pdb文件 2. 把pdb文件通过swisscharm网站转换出拓扑文件后，修改拓扑文件信息，如修改为ESP电荷等。 3. 利用psfgen把pdb文件连同拓扑文件，输出成NAMD可执行的pdb和psf文件。 4. 然后利用packmol程序用生成的pdb文件制作成溶剂盒子。 5. 然后修改conf调NAMD模拟计算。 但是非常非常麻烦。经常出错，也许是我刚入门，或许上面的顺序仍然有很多错误 开贴想跟大家一起讨论下，大家一起分享下NAMD计算小分子溶剂中运动的宝贵经验。谢谢！ |
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2楼2023-02-06 20:22:00