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doushifish

金虫 (正式写手)

[求助] mRNA-Seq文库构建实验原理相关问题求助 已有1人参与

初接触mRNA-Seq文库构建实验,用的VATHS mRNA v2 Library Prep Kit。有些原理相关的小白问题请教,望各位别取笑多指教
1. 用磁珠将mRNA从总RNA中纯化出来的原理是什么呢?为什么专用磁珠只吸附mRNA?
2. 打断mRNA使之片段化的原理是什么?用什么试剂?为什么可以打断?
3. 为什么要末端修复?是怎么修复的?用的什么试剂?原理是什么?过程怎么样的?
4. 为什么要末端dA-tailing?用的什么试剂?原理是什么?过程怎么样的?
5. 接头是什么结构的?怎么设计接头?接头退火的过程是怎么样的?
6. 文库扩增时用的引物怎么设计的?是什么样的序列?扩增过程?
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jianguochen

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
doushifish: 金币+50, ★★★很有帮助 2016-04-01 08:42:08
1.利用成熟mRNA的poly A tail 特性,磁珠上有修饰oligo dT,与mRNA退火就捕获了mRNA。
2.楼主的试剂盒应该是利用盐离子在加热下打断mRNA的。
3.打断的mRNA反转录之后末端可能有多种情况,但后续的步骤需要先将末端补平,一般就是用DNA polymerase。
4.dA tailing 就是在补平的末端加A,而接头有一个突出的T,这样就TA连接了,末端加A的酶有好几种,你的是哪个我也不知道。
5.不同建库试剂盒的接头类型不一样,比如Y型,颈环等,接头设计比较多样化,一时也说不清楚,你可以看看illumina的接头信息。
6.同5

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-03-30 14:58:15
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doushifish

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jianguochen at 2016-03-30 14:58:15
1.利用成熟mRNA的poly A tail 特性,磁珠上有修饰oligo dT,与mRNA退火就捕获了mRNA。
2.楼主的试剂盒应该是利用盐离子在加热下打断mRNA的。
3.打断的mRNA反转录之后末端可能有多种情况,但后续的步骤需要先将末端 ...

谢谢你的回复,给了我一些百度不到的知识
3楼2016-03-31 09:28:03
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