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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

[求助] Miseq测一段编码氨基酸的序列,测序结果里有好多内部终止子(internal stop codon) 已有1人参与

用 Illumina Miseq 对pcr 序列测序,这段序列是一段己知的编码氨基酸的序列,但分析时发现有好多序列里有内部终止子,这是由于PCR扩增错误?测序错误?还是其他的什么原因引起的,
这样有内部终止子的序列在分析时要不要去掉啊?去掉了会不会影响多样性分析?


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要学会生物统计
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气

嗯...................

首先,测序怎么会测出蛋白序列,这个是你拿软件再翻译的吧
其次,再翻译的话,问题就来了,不同物种用的终止密码子不一样,怎么确定你这个终止子就一定是终止子呢?
Let God do with it as He wills
2楼2016-03-27 17:33:54
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clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
少年,测序拿到DNA序列,翻译成蛋白的时候,怎么也是6种情况,你这才给出来4条序列,不知道你是怎么翻译的。
3楼2016-03-27 23:33:53
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2016-03-27 17:33:54
嗯...................

首先,测序怎么会测出蛋白序列,这个是你拿软件再翻译的吧
其次,再翻译的话,问题就来了,不同物种用的终止密码子不一样,怎么确定你这个终止子就一定是终止子呢?

首先,测序的是一段编码氨基酸的序列,是古菌的一段己知的功能基因,密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定,氨基酸链翻译无误,但中间的确出现了终止子,推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是,这样的序列在测序总数中 数量很多,在分析时是要保留这样的序列,还是删除,去除这些序列后会不会降低多样性。
要学会生物统计
4楼2016-03-30 10:04:45
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by clark2010 at 2016-03-27 23:33:53
少年,测序拿到DNA序列,翻译成蛋白的时候,怎么也是6种情况,你这才给出来4条序列,不知道你是怎么翻译的。

首先,测序的是一段编码氨基酸的序列,是古菌的一段己知的功能基因,密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定,氨基酸链翻译无误,但中间的确出现了终止子,推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是,这样的序列在测序总数中 数量很多,在分析时是要保留这样的序列,还是删除,去除这些序列后会不会降低多样性。
要学会生物统计
5楼2016-03-30 10:07:44
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krisxin

铁虫 (初入文坛)

我也遇到一样的问题想问,有些从NCBI下载得序列中也存在内部终止子。我都怀疑是不是这条序列它得特点了...就总得带几个内部终止子 但还是想看一下有没有别的解释
6楼2021-04-21 17:43:02
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krisxin

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by aquamarineqp at 2016-03-30 10:07:44
首先,测序的是一段编码氨基酸的序列,是古菌的一段己知的功能基因,密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定,氨基酸链翻译无误,但中间的确出现了终止子,推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是 ...

对对对,我也想问。我是计算遗传距离得,然乎想问删掉后面部分得序列会导致遗传距离变小,不删的话遗传距离到是跟NCBI相似度一样,但是就是存在内部终止子得问题
7楼2021-04-21 17:47:11
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