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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Miseq测一段编码氨基酸的序列，测序结果里有好多内部终止子(internal stop codon)
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)

[求助] Miseq测一段编码氨基酸的序列，测序结果里有好多内部终止子(internal stop codon) 已有1人参与

用 Illumina Miseq 对pcr 序列测序，这段序列是一段己知的编码氨基酸的序列，但分析时发现有好多序列里有内部终止子，这是由于PCR扩增错误？测序错误？还是其他的什么原因引起的，
这样有内部终止子的序列在分析时要不要去掉啊？去掉了会不会影响多样性分析？


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要学会生物统计
1楼 2016-03-27 10:33:41
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atlanticwi

金虫 (正式写手)

琴美喜欢发呆 不喜欢发脾气
嗯...................

首先，测序怎么会测出蛋白序列，这个是你拿软件再翻译的吧
其次，再翻译的话，问题就来了，不同物种用的终止密码子不一样，怎么确定你这个终止子就一定是终止子呢？
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Let God do with it as He wills
2楼2016-03-27 17:33:54
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clark2010

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
少年，测序拿到DNA序列，翻译成蛋白的时候，怎么也是6种情况，你这才给出来4条序列，不知道你是怎么翻译的。
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3楼2016-03-27 23:33:53
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by atlanticwi at 2016-03-27 17:33:54
嗯...................

首先，测序怎么会测出蛋白序列，这个是你拿软件再翻译的吧
其次，再翻译的话，问题就来了，不同物种用的终止密码子不一样，怎么确定你这个终止子就一定是终止子呢？

首先，测序的是一段编码氨基酸的序列，是古菌的一段己知的功能基因，密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定，氨基酸链翻译无误，但中间的确出现了终止子，推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是，这样的序列在测序总数中 数量很多，在分析时是要保留这样的序列，还是删除，去除这些序列后会不会降低多样性。
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要学会生物统计
4楼2016-03-30 10:04:45
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aquamarineqp

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by clark2010 at 2016-03-27 23:33:53
少年，测序拿到DNA序列，翻译成蛋白的时候，怎么也是6种情况，你这才给出来4条序列，不知道你是怎么翻译的。

首先，测序的是一段编码氨基酸的序列，是古菌的一段己知的功能基因，密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定，氨基酸链翻译无误，但中间的确出现了终止子，推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是，这样的序列在测序总数中 数量很多，在分析时是要保留这样的序列，还是删除，去除这些序列后会不会降低多样性。
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要学会生物统计
5楼2016-03-30 10:07:44
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krisxin

铁虫 (初入文坛)
我也遇到一样的问题想问，有些从NCBI下载得序列中也存在内部终止子。我都怀疑是不是这条序列它得特点了...就总得带几个内部终止子 但还是想看一下有没有别的解释
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6楼2021-04-21 17:43:02
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krisxin

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by aquamarineqp at 2016-03-30 10:07:44
首先，测序的是一段编码氨基酸的序列，是古菌的一段己知的功能基因，密码子表是确定的。
其次开放阅读框位置确定，氨基酸链翻译无误，但中间的确出现了终止子，推测可能是由于扩增或测序错误引起的
现在的问题是 ...

对对对，我也想问。我是计算遗传距离得，然乎想问删掉后面部分得序列会导致遗传距离变小，不删的话遗传距离到是跟NCBI相似度一样，但是就是存在内部终止子得问题
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7楼2021-04-21 17:47:11
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