应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3618  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法 已有1人参与

我用了gmx distance -s .tpr -f .trr -n .ndx -oall all.xvg，.ndx文件中有我想计算的两个组group1、group2，怎么样计算着两个组质心间的距离呢？还有-oall 和 -oav有什么区别？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-24 10:20:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兔子米迦勒

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主可以试试这个命令：gmx distance -f *.xtc -s *.tpr -select 'com of group *A plus com of group *B' -n -oav output.xvg。另外，oav是输出average结果，oall输出全部结果
赞一下 回复此楼
4楼2021-03-27 13:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

山苍子

新虫 (初入文坛)
你好，我也遇到了这个问题...请问这个问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
2楼2017-05-16 10:29:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18655479372

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了么，能分享一下心得么。我也是用distance，但是貌似选一个组也可以进行只要是偶数就可以。
赞一下 回复此楼
3楼2017-11-08 11:10:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 296求调剂 +5 彼岸t 2026-03-29 5/250 2026-03-29 16:54 by 熊一刀
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 356求调剂 +4 gysy?s?a 2026-03-28 4/200 2026-03-29 10:32 by 唐沐儿
[考研] 本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以 +6 芝士雪baoo 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:16 by 松花缸1201
[考研] 316求调剂 +7 江辞666 2026-03-26 7/350 2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 322求调剂 +7 宋明欣 2026-03-27 7/350 2026-03-28 21:27 by sanrepian
[考研] 材料277求调剂 +7 min3 2026-03-24 7/350 2026-03-28 11:39 by xuxiang
[考研] 材料求调剂一志愿哈工大324 +7 闫旭东 2026-03-28 9/450 2026-03-28 08:51 by Xu de nuo
[考研] 295求调剂 +5 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 04:04 by fmesaito
[考研] 266求调剂 +11 阳阳哇塞 2026-03-27 12/600 2026-03-27 17:56 by yu221
[考研] 化学调剂 +4 爱吃番茄的旭 2026-03-24 5/250 2026-03-27 17:50 by kiokin
[考研] 材料292调剂 +12 橘颂思美人 2026-03-23 12/600 2026-03-27 15:44 by caszguilin
[考研] 348求调剂 +4 小懒虫不懒了 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:47 by 果果妈咪
[考研] 材料求调剂 +5 .m.. 2026-03-25 5/250 2026-03-27 11:08 by 不吃魚的貓
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-03-26 4/200 2026-03-27 08:04 by chemisry
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 296求调剂 +4 汪！？！ 2026-03-25 7/350 2026-03-25 16:41 by 汪！？！
[考研] 340求调剂 +5 话梅糖111 2026-03-24 5/250 2026-03-25 06:53 by ilovexiaobin
[考研] 一志愿北化315 求调剂 +3 akrrain 2026-03-24 3/150 2026-03-24 19:35 by 了了了了。。
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭