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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法
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吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法 已有1人参与

我用了gmx distance -s .tpr -f .trr -n .ndx -oall all.xvg，.ndx文件中有我想计算的两个组group1、group2，怎么样计算着两个组质心间的距离呢？还有-oall 和 -oav有什么区别？
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1楼 2016-03-24 10:20:51
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兔子米迦勒

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主可以试试这个命令：gmx distance -f *.xtc -s *.tpr -select 'com of group *A plus com of group *B' -n -oav output.xvg。另外，oav是输出average结果，oall输出全部结果
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4楼2021-03-27 13:07:12
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山苍子

新虫 (初入文坛)
你好，我也遇到了这个问题...请问这个问题解决了吗？
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2楼2017-05-16 10:29:18
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18655479372

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了么，能分享一下心得么。我也是用distance，但是貌似选一个组也可以进行只要是偶数就可以。
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3楼2017-11-08 11:10:37
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