应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法
41/1返回列表
查看: 3682  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

吉米爱多

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gromacs5.0.5，gmx distance的使用方法 已有1人参与

我用了gmx distance -s .tpr -f .trr -n .ndx -oall all.xvg，.ndx文件中有我想计算的两个组group1、group2，怎么样计算着两个组质心间的距离呢？还有-oall 和 -oav有什么区别？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-03-24 10:20:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

山苍子

新虫 (初入文坛)
你好，我也遇到了这个问题...请问这个问题解决了吗？
赞一下 回复此楼
2楼2017-05-16 10:29:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18655479372

新虫 (初入文坛)
请问楼主解决了么，能分享一下心得么。我也是用distance，但是貌似选一个组也可以进行只要是偶数就可以。
赞一下 回复此楼
3楼2017-11-08 11:10:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兔子米迦勒

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

楼主可以试试这个命令：gmx distance -f *.xtc -s *.tpr -select 'com of group *A plus com of group *B' -n -oav output.xvg。另外，oav是输出average结果，oall输出全部结果
赞一下 回复此楼
4楼2021-03-27 13:07:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 吉米爱多 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭