| 查看: 3195 | 回复: 8 | ||
xiaoxuan1111铁杆木虫 (正式写手)
|
[求助]
求问教程里VASP算例中晶体Si的输入文件POSCAR是怎么得到的 已有3人参与
|
|
算例中的POSCAR文件是这样的 system Si 5.430 0.5 0.5 0.0 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 2 cart 0.00 0.00 0.00 0.25 0.25 0.25 请问为什么晶体硅的原胞中只有两个原子呢？我用MS建模得到的原胞中有4个原子啊 我搜到两种获得POSCAR的方法，一个是从MS中castep的.cell文件里复制 这是我用MS中castep得到的.cell中的文件 %BLOCK LATTICE_CART -0.000000000000000 2.713550000000001 2.713550000000000 2.713550000000001 0.000000000000000 2.713550000000000 2.713550000000000 2.713550000000000 -0.000000000000001 %ENDBLOCK LATTICE_CART %BLOCK POSITIONS_FRAC Si 0.1250000000000000 0.1250000000000000 0.1250000000000001 Si 1.1250000000000000 0.1249999999999999 -0.3749999999999998 Si 0.1249999999999999 -0.3750000000000000 1.1250000000000000 Si -0.3749999999999999 1.1250000000000002 0.1250000000000001 第二中方法是用MS建模后保存成.cif格式，然后导入VESTA软件，再用这个软件保存成POSCAR格式后，得到 Si 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 4 Cartesian 0.959375024 0.553895428 0.391663213 1.918750048 1.107790857 1.958316067 1.918750048 2.215581713 0.391663213 2.878125072 0.553895428 0.391663213 这两种方法得到的基矢和原子坐标是不一样的，难道说它们是等价的吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
340求调剂
已经有3人回复
-
材料专硕找调剂
已经有4人回复
-
0854电子信息求调剂
已经有6人回复
-
0805 316求调剂
已经有4人回复
-
0854 考研调剂 招生了！AI 方向
已经有17人回复
-
【考研调剂】化学专业 281分，一志愿四川大学，诚心求调剂
已经有15人回复
-
资源与环境 调剂申请(333分)
已经有7人回复
-
306求0703调剂一志愿华中师范
已经有11人回复
-
0703化学调剂，求导师收
已经有6人回复
-
求调剂
已经有5人回复
未岸亡灵
铁杆木虫 (著名写手)
暂时离开小木虫
- 1ST强帖: 2
- 应助: 622 (博士)
- 金币: 6519.3
- 散金: 1221
- 红花: 111
- 帖子: 1345
- 在线: 517.7小时
- 虫号: 1730773
- 注册: 2012-04-01
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-03-23 18:43:44
3楼2016-03-23 20:35:55
xiaoxuan1111
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5648.8
- 散金: 20
- 红花: 3
- 帖子: 418
- 在线: 948.2小时
- 虫号: 1547569
- 注册: 2011-12-22
- 性别: GG
- 专业: 热物性与热物理测试技术
4楼2016-03-23 21:14:58
5楼2016-03-31 07:21:37
【答案】应助回帖
|
个人认为你初始在MS中的建模就是不正确的 没有用正确的空间群信息，而是手动输入了4个分数坐标? 对于Si来说，你最简单的方法，是导入MS中自带的结构（~\share\Structures\semiconductors\Si.msi） 多说一句，Si的原胞是2个原子，单胞是8个原子，DFT计算中一般情况用原胞进行计算 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
6楼2016-03-31 09:26:07
xiaoxuan1111
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5648.8
- 散金: 20
- 红花: 3
- 帖子: 418
- 在线: 948.2小时
- 虫号: 1547569
- 注册: 2011-12-22
- 性别: GG
- 专业: 热物性与热物理测试技术
7楼2016-04-01 17:10:36
xiaoxuan1111
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5648.8
- 散金: 20
- 红花: 3
- 帖子: 418
- 在线: 948.2小时
- 虫号: 1547569
- 注册: 2011-12-22
- 性别: GG
- 专业: 热物性与热物理测试技术
送红花一朵 |
谢谢回复！ 我空间群倒没错，我是从spring material上查到的Si晶体结构信息 http://materials.springer.com/is ... ic/docs/sd_1622696# 按它给的信息，Si的原子坐标是（1/8,1/8,1/8），用MS建模后原胞确实有4个原子，单胞有16个。 我试着改了一下原子坐标，改成（0,0,0），用MS建模后就正常了，原胞2个，单胞8个，跟MS自带的结构是一样的。 很奇怪，是我建模方法错了，还是这个数据库给的原子坐标错了呢？ |
8楼2016-04-01 17:20:51
xiaoxuan1111
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 5648.8
- 散金: 20
- 红花: 3
- 帖子: 418
- 在线: 948.2小时
- 虫号: 1547569
- 注册: 2011-12-22
- 性别: GG
- 专业: 热物性与热物理测试技术
|
我今天又试了试，用MS建模时，227空间群的option中有两个选项，Origin-1和Origin-2 用origin-1时，Si原子坐标使用（0,0,0） 用origin-2时，Si原子坐标使用（1/8,1/8,1/8），这样都能得到8个原子的单胞和2个原子的原胞，生成的POSCAR文件分别是 Si_2 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 2 Direct 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.250000000 0.250000000 0.250000000 Si_3 1.0 3.8375000954 0.0000000000 0.0000000000 1.9187500477 3.3233725696 0.0000000000 1.9187500477 1.1077908565 3.1333057072 Si 2 Direct 0.125000000 0.125000000 0.125000000 0.875000000 0.875000000 0.875000000 晶格基矢相图，原子坐标不同，用VASP算了一下，总能和费米能级是一样的，所以它们应该是等价的。 这样新问题又来了，怎么根据晶体结构信息http://materials.springer.com/is ... ic/docs/sd_1622696#，判断该选用origin-1还是origin-2呢？ |
9楼2016-04-02 10:14:18
