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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 求问教程里VASP算例中晶体Si的输入文件POSCAR是怎么得到的
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] 求问教程里VASP算例中晶体Si的输入文件POSCAR是怎么得到的 已有3人参与

算例中的POSCAR文件是这样的
system Si
5.430
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
2
cart
0.00 0.00 0.00
0.25 0.25 0.25
请问为什么晶体硅的原胞中只有两个原子呢？我用MS建模得到的原胞中有4个原子啊
我搜到两种获得POSCAR的方法，一个是从MS中castep的.cell文件里复制
这是我用MS中castep得到的.cell中的文件
%BLOCK LATTICE_CART
      -0.000000000000000       2.713550000000001       2.713550000000000
       2.713550000000001       0.000000000000000       2.713550000000000
       2.713550000000000       2.713550000000000      -0.000000000000001
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
Si   0.1250000000000000   0.1250000000000000   0.1250000000000001
Si   1.1250000000000000   0.1249999999999999  -0.3749999999999998
Si   0.1249999999999999  -0.3750000000000000   1.1250000000000000
Si  -0.3749999999999999   1.1250000000000002   0.1250000000000001
第二中方法是用MS建模后保存成.cif格式，然后导入VESTA软件，再用这个软件保存成POSCAR格式后，得到
Si
1.0
        3.8375000954         0.0000000000         0.0000000000
        1.9187500477         3.3233725696         0.0000000000
        1.9187500477         1.1077908565         3.1333057072
   Si
    4
Cartesian
     0.959375024         0.553895428         0.391663213
     1.918750048         1.107790857         1.958316067
     1.918750048         2.215581713         0.391663213
     2.878125072         0.553895428         0.391663213
这两种方法得到的基矢和原子坐标是不一样的，难道说它们是等价的吗？
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你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
1楼 2016-03-23 17:56:01
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fzuer at 2016-03-31 09:26:07
个人认为你初始在MS中的建模就是不正确的
没有用正确的空间群信息，而是手动输入了4个分数坐标?

对于Si来说，你最简单的方法，是导入MS中自带的结构（~\share\Structures\semiconductors\Si.msi）

多说一句， ...

我今天又试了试，用MS建模时，227空间群的option中有两个选项，Origin-1和Origin-2
用origin-1时，Si原子坐标使用（0,0,0）
用origin-2时，Si原子坐标使用（1/8,1/8,1/8），这样都能得到8个原子的单胞和2个原子的原胞，生成的POSCAR文件分别是
Si_2
1.0
        3.8375000954         0.0000000000         0.0000000000
        1.9187500477         3.3233725696         0.0000000000
        1.9187500477         1.1077908565         3.1333057072
   Si
    2
Direct
     0.000000000         0.000000000         0.000000000
     0.250000000         0.250000000         0.250000000

Si_3
1.0
        3.8375000954         0.0000000000         0.0000000000
        1.9187500477         3.3233725696         0.0000000000
        1.9187500477         1.1077908565         3.1333057072
   Si
    2
Direct
     0.125000000         0.125000000         0.125000000
     0.875000000         0.875000000         0.875000000
晶格基矢相图，原子坐标不同，用VASP算了一下，总能和费米能级是一样的，所以它们应该是等价的。
这样新问题又来了，怎么根据晶体结构信息http://materials.springer.com/is ... ic/docs/sd_1622696#，判断该选用origin-1还是origin-2呢？
赞一下 回复此楼
你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
9楼2016-04-02 10:14:18
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaoxuan1111: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢 2016-03-23 21:11:31
一样的，基矢不用说。原子坐标第一种目测是相对坐标，第二种是笛卡尔坐标。实质是一样的
赞一下 回复此楼
2楼2016-03-23 18:43:44
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lq4866

铜虫 (初入文坛)
楼上说的对呀

发自小木虫IOS客户端
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3楼2016-03-23 20:35:55
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2016-03-23 18:43:44
一样的，基矢不用说。原子坐标第一种目测是相对坐标，第二种是笛卡尔坐标。实质是一样的

非常感谢！
还有问题哈，为什么VASP算例中晶体硅的原胞中只有两个原子呢，而我用MS建模得到的原胞有4个原子，怎么才能得到跟算例中一样的POSCAR文件呢？
赞一下 回复此楼
你想要什么，如何得到想要的，现在应该怎么做？
4楼2016-03-23 21:14:58
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查看全部 9 个回答
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