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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助求助,大家好,我想问问Amber11可以在自己电脑上进行分子动力学模拟嘛? 已有2人参与

求助求助,大家好,我想问问Amber11可以在自己电脑上进行分子动力学模拟嘛?我是Windows7的电脑。
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

可以,不过有两点:1.要自行编译安装;2.会比较慢;

发自小木虫Android客户端
2楼2016-03-20 05:50:43
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-03-20 05:50:43
可以,不过有两点:1.要自行编译安装;2.会比较慢;

那如果我要算I型胶原蛋白的热稳定分子动力学的话大概要多久算完一个
3楼2016-03-20 12:38:36
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 丫丫兮兮1991 at 2016-03-20 12:38:36
那如果我要算I型胶原蛋白的热稳定分子动力学的话大概要多久算完一个...

看你模拟体系多大 你也没给出配置,也没衡量要跑多久。热稳定性不是你跑1 2个重复就可以的 温度梯度还要摸索。
如果是按100ns来说 少则一个星期 多则半个月,一个重复。
就我自己论文来说 模拟了一年 还不是很满意。

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-03-21 23:48:56
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先Amber只能在linux上运行,你要么换系统要么装虚拟机。其次AMBER的GPU版本速度比较快,如果你有nvidia的支持CUDA的显卡的话速度还可以接受,没有的话,只用CPU版本就可以基本放弃了,8核以下基本做不出来啥。
专业的计算模拟服务:http://www.wecomput.com
5楼2016-03-22 20:06:43
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莲花不乖

金虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 克罗米虎 at 2016-03-22 20:06:43
首先Amber只能在linux上运行,你要么换系统要么装虚拟机。其次AMBER的GPU版本速度比较快,如果你有nvidia的支持CUDA的显卡的话速度还可以接受,没有的话,只用CPU版本就可以基本放弃了,8核以下基本做不出来啥。

我准备用虚拟机做动力学,请问有教程吗?谢谢
6楼2017-05-03 14:43:36
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