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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助求助，大家好，我想问问Amber11可以在自己电脑上进行分子动力学模拟嘛？ 已有2人参与

求助求助，大家好，我想问问Amber11可以在自己电脑上进行分子动力学模拟嘛？我是Windows7的电脑。
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1楼 2016-03-19 13:30:41
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wbf3ng

金虫 (小有名气)
可以，不过有两点：1.要自行编译安装；2.会比较慢；

发自小木虫Android客户端
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2楼2016-03-20 05:50:43
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-03-20 05:50:43
可以，不过有两点：1.要自行编译安装；2.会比较慢；

那如果我要算I型胶原蛋白的热稳定分子动力学的话大概要多久算完一个
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3楼2016-03-20 12:38:36
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awaken2013

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
3楼: Originally posted by 丫丫兮兮1991 at 2016-03-20 12:38:36
那如果我要算I型胶原蛋白的热稳定分子动力学的话大概要多久算完一个...

看你模拟体系多大 你也没给出配置，也没衡量要跑多久。热稳定性不是你跑1 2个重复就可以的 温度梯度还要摸索。
如果是按100ns来说 少则一个星期 多则半个月，一个重复。
就我自己论文来说 模拟了一年 还不是很满意。

发自小木虫IOS客户端
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4楼2016-03-21 23:48:56
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克罗米虎

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先Amber只能在linux上运行，你要么换系统要么装虚拟机。其次AMBER的GPU版本速度比较快，如果你有nvidia的支持CUDA的显卡的话速度还可以接受，没有的话，只用CPU版本就可以基本放弃了，8核以下基本做不出来啥。
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5楼2016-03-22 20:06:43
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莲花不乖

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 克罗米虎 at 2016-03-22 20:06:43
首先Amber只能在linux上运行，你要么换系统要么装虚拟机。其次AMBER的GPU版本速度比较快，如果你有nvidia的支持CUDA的显卡的话速度还可以接受，没有的话，只用CPU版本就可以基本放弃了，8核以下基本做不出来啥。

我准备用虚拟机做动力学，请问有教程吗？谢谢
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6楼2017-05-03 14:43:36
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