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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 求问多肽与核酸模拟结合的软件！
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学术黄

新虫 (小有名气)

[交流] 求问多肽与核酸模拟结合的软件！ 已有2人参与

我做的方向是多肽和核酸的结合，核酸的结构可以下到，但是多肽结构是没有的。请问哪些软件可以预测多肽结构？哪些软件可以对结合做动力学模拟？求问~
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1楼 2016-03-18 16:10:59
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HAOXUE-1
2楼2016-03-18 16:25:57
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earth

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
其实预期结果想准确还是比较难，尽管现在软件比较多。除非预先知道多肽的结果，可以首先用伸展构想的多肽结构试试，放在模拟过程中多肽结构会变化。可以查文献看看是否有相关软件，比如 http://genesilico.pl/NPDock。
相应文章见http://nar.oxfordjournals.org/co ... /14/nar.gkv493.full
当然还有其他docking软件可以，见上述文献。
如果docking结构符合你的要求，很多动力学软件都可以用，amber，gromacs，namd等等。
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学术黄
3楼2016-03-21 18:38:43
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学术黄

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by earth at 2016-03-21 18:38:43
其实预期结果想准确还是比较难，尽管现在软件比较多。除非预先知道多肽的结果，可以首先用伸展构想的多肽结构试试，放在模拟过程中多肽结构会变化。可以查文献看看是否有相关软件，比如 http://genesilico.pl/NPDoc ...

谢谢~

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4楼2016-03-21 18:55:01
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earth

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
预测结果最好要有实验去验证，否则文章不好发。
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5楼2016-03-21 20:46:52
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学术黄

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by earth at 2016-03-21 20:46:52
预测结果最好要有实验去验证，否则文章不好发。

你说的实验是nmr或者晶体衍射之类的吗？

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6楼2016-03-22 09:34:35
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earth

木虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
6楼: Originally posted by 学术黄 at 2016-03-22 09:34:35
你说的实验是nmr或者晶体衍射之类的吗？
...

如果docking确定了互作位点，要突变碱基或氨基酸看是否结合受到影响。可以用SPR，ITC，凝胶层析等等方法。
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7楼2016-03-22 18:15:54
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