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学术黄

新虫 (小有名气)

[交流] 求问多肽与核酸模拟结合的软件! 已有2人参与

我做的方向是多肽和核酸的结合,核酸的结构可以下到,但是多肽结构是没有的。请问哪些软件可以预测多肽结构?哪些软件可以对结合做动力学模拟?求问~
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学术黄

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by earth at 2016-03-21 18:38:43
其实预期结果想准确还是比较难,尽管现在软件比较多。除非预先知道多肽的结果,可以首先用伸展构想的多肽结构试试,放在模拟过程中多肽结构会变化。可以查文献看看是否有相关软件,比如 http://genesilico.pl/NPDoc ...

谢谢~

发自小木虫Android客户端
4楼2016-03-21 18:55:01
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earth

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
其实预期结果想准确还是比较难,尽管现在软件比较多。除非预先知道多肽的结果,可以首先用伸展构想的多肽结构试试,放在模拟过程中多肽结构会变化。可以查文献看看是否有相关软件,比如 http://genesilico.pl/NPDock
相应文章见http://nar.oxfordjournals.org/co ... /14/nar.gkv493.full
当然还有其他docking软件可以,见上述文献。
如果docking结构符合你的要求,很多动力学软件都可以用,amber,gromacs,namd等等。

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3楼2016-03-21 18:38:43
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earth

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
预测结果最好要有实验去验证,否则文章不好发。
5楼2016-03-21 20:46:52
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学术黄

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by earth at 2016-03-21 20:46:52
预测结果最好要有实验去验证,否则文章不好发。

你说的实验是nmr或者晶体衍射之类的吗?

发自小木虫Android客户端
6楼2016-03-22 09:34:35
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