24小时热门版块排行榜    

查看: 1574  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

[求助] fix nvt 体系为何会越来越大? 已有1人参与

做lammps模拟,大概是金属板上面一层水,取的是p p fm边界
用nvt跑平衡的时候,系统的体积会越来越大,总会有几个水分子跑得很远很远,这是正常情况吗?
照理说nvt的话体积应该恒定啊~~
我看的文献里并没有提到这种现象,是我的边界条件错误了还是漏了些什么东西呢?
参考的文献是Martin Fitzner, Gabriele C. Sosso, Stephen J. Cox, et al. JACS.137,13658(2015)
in文件:
echo                                                screen

units                                                real
newton                                        on
dimension                                3
boundary                                p p fm

atom_style                        atomic
region                                        box block -30.00 30.00 -30.00 30.00 0.00 70.00 units box
create_box                        2 box

lattice                                        bcc 2.8665
region                                        metel block INF INF INF INF 0.00 4.00 units lattice
create_atoms                1 region metel
lattice                                        sc 3.15
region                                        water block INF INF INF INF 13.50 48.50 units box
create_atoms                2 region water

mass                                                1 55.845
mass                                                2 18.01528

pair_style                         hybrid lj/cut 7.53 sw
pair_coeff                         * * sw mW.sw NULL HOO
pair_coeff                        1 2 lj/cut 1.00 2.34
pair_coeff                        1 1 none

group                                         M type 1
group                                         W type 2

timestep        10
fix                                                 1 M setforce 0.00 0.00 0.00

dump                                                min all atom 100 min.lammpstrj
minimize                                1.0e-5 1.0e-6 10000 100000
undump                                        min

thermo                                        100
dump                                                tmp all atom 10000 tmp1.lammpstrj
fix                                                 2 all nvt temp 290.0 290.0 500 tchain 10
run                                                        1000000
undump                                        tmp1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)

楼主请问你现在解决这个问题了么?
我也是经常出现个别水分子在非周期边界上越跑越远。很困扰
十分感谢!!!!
5楼2016-04-13 10:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。
2楼2016-03-18 23:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-18 23:51:43
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。

是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、
3楼2016-03-21 09:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 月下的淡然 at 2016-03-20 19:18:27
是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、...

那就再仔细阅读文献吧。或者给作者发邮件。
4楼2016-03-21 11:42:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 352求调剂 +3 大米饭! 2026-03-22 3/150 2026-03-22 23:28 by king123!
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 0854电子信息求调剂 +3 α____ 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:28 by zhq0425
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 广西大学材料导师推荐 +3 夏夏夏小正 2026-03-17 5/250 2026-03-21 22:20 by 金昊ML
[考研] 333求调剂 +5 87639 2026-03-21 7/350 2026-03-21 19:31 by ColorlessPI
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 307求调剂 +3 余意卿 2026-03-18 3/150 2026-03-21 17:31 by ColorlessPI
[考研] 302求调剂 +12 呼呼呼。。。。 2026-03-17 12/600 2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 296求调剂 +4 www_q 2026-03-20 4/200 2026-03-21 17:26 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿南昌大学,327分,材料与化工085600 +9 Ncdx123456 2026-03-19 9/450 2026-03-20 23:41 by lovewei0727
[考研] 085600材料与化工 +8 安全上岸! 2026-03-16 8/400 2026-03-20 22:13 by luoyongfeng
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
信息提示
请填处理意见