24小时热门版块排行榜    

查看: 1725  |  回复: 4

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

[求助] fix nvt 体系为何会越来越大? 已有1人参与

做lammps模拟,大概是金属板上面一层水,取的是p p fm边界
用nvt跑平衡的时候,系统的体积会越来越大,总会有几个水分子跑得很远很远,这是正常情况吗?
照理说nvt的话体积应该恒定啊~~
我看的文献里并没有提到这种现象,是我的边界条件错误了还是漏了些什么东西呢?
参考的文献是Martin Fitzner, Gabriele C. Sosso, Stephen J. Cox, et al. JACS.137,13658(2015)
in文件:
echo                                                screen

units                                                real
newton                                        on
dimension                                3
boundary                                p p fm

atom_style                        atomic
region                                        box block -30.00 30.00 -30.00 30.00 0.00 70.00 units box
create_box                        2 box

lattice                                        bcc 2.8665
region                                        metel block INF INF INF INF 0.00 4.00 units lattice
create_atoms                1 region metel
lattice                                        sc 3.15
region                                        water block INF INF INF INF 13.50 48.50 units box
create_atoms                2 region water

mass                                                1 55.845
mass                                                2 18.01528

pair_style                         hybrid lj/cut 7.53 sw
pair_coeff                         * * sw mW.sw NULL HOO
pair_coeff                        1 2 lj/cut 1.00 2.34
pair_coeff                        1 1 none

group                                         M type 1
group                                         W type 2

timestep        10
fix                                                 1 M setforce 0.00 0.00 0.00

dump                                                min all atom 100 min.lammpstrj
minimize                                1.0e-5 1.0e-6 10000 100000
undump                                        min

thermo                                        100
dump                                                tmp all atom 10000 tmp1.lammpstrj
fix                                                 2 all nvt temp 290.0 290.0 500 tchain 10
run                                                        1000000
undump                                        tmp1
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。
2楼2016-03-18 23:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-18 23:51:43
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。

是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、
3楼2016-03-21 09:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 月下的淡然 at 2016-03-20 19:18:27
是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、...

那就再仔细阅读文献吧。或者给作者发邮件。
4楼2016-03-21 11:42:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)

楼主请问你现在解决这个问题了么?
我也是经常出现个别水分子在非周期边界上越跑越远。很困扰
十分感谢!!!!
5楼2016-04-13 10:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 月下的淡然 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-29 00:28 by winsaint
[基金申请] 国自然评审意见 +11 wangmingqi 2026-08-28 15/750 2026-08-29 00:17 by fangyl2005
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +3 德尚中行 2026-08-27 3/150 2026-08-28 15:24 by rongshuxia
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见(F口面上) +4 gdd2018 2026-08-28 9/450 2026-08-28 14:22 by jklily
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +3 bud_bud 2026-08-27 6/300 2026-08-28 11:53 by bud_bud
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
请填处理意见