24小时热门版块排行榜    

查看: 1508  |  回复: 4

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

[求助] fix nvt 体系为何会越来越大? 已有1人参与

做lammps模拟,大概是金属板上面一层水,取的是p p fm边界
用nvt跑平衡的时候,系统的体积会越来越大,总会有几个水分子跑得很远很远,这是正常情况吗?
照理说nvt的话体积应该恒定啊~~
我看的文献里并没有提到这种现象,是我的边界条件错误了还是漏了些什么东西呢?
参考的文献是Martin Fitzner, Gabriele C. Sosso, Stephen J. Cox, et al. JACS.137,13658(2015)
in文件:
echo                                                screen

units                                                real
newton                                        on
dimension                                3
boundary                                p p fm

atom_style                        atomic
region                                        box block -30.00 30.00 -30.00 30.00 0.00 70.00 units box
create_box                        2 box

lattice                                        bcc 2.8665
region                                        metel block INF INF INF INF 0.00 4.00 units lattice
create_atoms                1 region metel
lattice                                        sc 3.15
region                                        water block INF INF INF INF 13.50 48.50 units box
create_atoms                2 region water

mass                                                1 55.845
mass                                                2 18.01528

pair_style                         hybrid lj/cut 7.53 sw
pair_coeff                         * * sw mW.sw NULL HOO
pair_coeff                        1 2 lj/cut 1.00 2.34
pair_coeff                        1 1 none

group                                         M type 1
group                                         W type 2

timestep        10
fix                                                 1 M setforce 0.00 0.00 0.00

dump                                                min all atom 100 min.lammpstrj
minimize                                1.0e-5 1.0e-6 10000 100000
undump                                        min

thermo                                        100
dump                                                tmp all atom 10000 tmp1.lammpstrj
fix                                                 2 all nvt temp 290.0 290.0 500 tchain 10
run                                                        1000000
undump                                        tmp1
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。
2楼2016-03-18 23:51:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月下的淡然

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by alundilong at 2016-03-18 23:51:43
体系变大,是因为上边界是m边界。
改成f的话,我猜你的原子会丢失。

是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、
3楼2016-03-21 09:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

alundilong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 月下的淡然 at 2016-03-20 19:18:27
是的啊~这个知道的。。。怎么解决这类问题呢?文献中压根没提到。。。我再上边界加了个反射墙,不知道这样子会不会影响结果、...

那就再仔细阅读文献吧。或者给作者发邮件。
4楼2016-03-21 11:42:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mileyfan

新虫 (小有名气)

楼主请问你现在解决这个问题了么?
我也是经常出现个别水分子在非周期边界上越跑越远。很困扰
十分感谢!!!!
5楼2016-04-13 10:35:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 月下的淡然 的主题更新
信息提示
请填处理意见