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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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hangruiqiang

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】研究蛋白质在材料表面吸附的分子动力学模拟用什么软件?

欢迎大家指教!谢谢···

[ Last edited by zhangwj on 2008-10-24 at 23:24 ]
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sunbuct

木虫 (正式写手)

★ ★
blackdust(金币+1,VIP+0):谢谢,辛苦了!
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢!
GROMACS、AMBER、HyperChem、CHARMM、NAMD、IMD都可以。
请参考:中国科学院研究生院硕士学位论文
用力学的观点研究贻贝粘着蛋白的微观机制
或文献:
[1] Gunsteren W F, Billeter S R, Eising A A, Hünenberger P H, Krüger P, Mark A E, Scott W R P and Tironi I G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide. Zürich: Vdf Hochschulverlag, 1996.
[2] Brooks B R, Bruccoleri R E, Olafson B D, States D J, Swaminathan S and Karplus M. CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization and Dynamics Calculations. J. Comp. Chem., 1983, 4, 187.
[3] Cornell W D, Cieplak P, Bayly C I, Gould I R, Merz K M J, Fergusson D M, Spellmeyer D C, Fox T, Caldwell J W and Kollman P A. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179-5197.
6楼2008-10-23 12:13:08
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yusen_1982

荣誉版主 (职业作家)

小木虫最高学位委员会主席

★ ★
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢!
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):xiexie!
同问,急切等待牛人解答
路漫漫其修远兮吾将上下而求索
2楼2008-10-17 14:01:58
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bioman

至尊木虫 (著名写手)


hangruiqiang(金币+1,VIP+0):刚才弄错了,晕,谢谢你
浙大化学系wu tao做这个。你可以看看
3楼2008-10-17 15:36:04
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shaoqingfly

铁虫 (初入文坛)


hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢,请问做蛋白质在材料表面的吸附他们各有什么特点呢?
gromacs,Amber,Charmm 或者NAMD都可以做。
4楼2008-10-17 16:02:54
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