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【求助】研究蛋白质在材料表面吸附的分子动力学模拟用什么软件？
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yusen_1982
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2楼2008-10-17 14:01:58
bioman
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yusen_1982
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5楼2008-10-17 16:05:52
sunbuct
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blackdust(金币+1,VIP+0):谢谢，辛苦了！
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢！
blackdust(金币+1,VIP+0):谢谢，辛苦了！
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢！
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GROMACS、AMBER、HyperChem、CHARMM、NAMD、IMD都可以。 请参考：中国科学院研究生院硕士学位论文 用力学的观点研究贻贝粘着蛋白的微观机制 或文献： [1] Gunsteren W F, Billeter S R, Eising A A, Hünenberger P H, Krüger P, Mark A E, Scott W R P and Tironi I G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide. Zürich: Vdf Hochschulverlag, 1996. [2] Brooks B R, Bruccoleri R E, Olafson B D, States D J, Swaminathan S and Karplus M. CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization and Dynamics Calculations. J. Comp. Chem., 1983, 4, 187. [3] Cornell W D, Cieplak P, Bayly C I, Gould I R, Merz K M J, Fergusson D M, Spellmeyer D C, Fox T, Caldwell J W and Kollman P A. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179-5197. |
6楼2008-10-23 12:13:08
7楼2008-10-24 15:42:47
nonfouling
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8楼2008-12-18 10:39:04