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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 生物材料 » 金属生物材料 » 【求助】研究蛋白质在材料表面吸附的分子动力学模拟用什么软件？
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hangruiqiang

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】研究蛋白质在材料表面吸附的分子动力学模拟用什么软件？

欢迎大家指教！谢谢···

[ Last edited by zhangwj on 2008-10-24 at 23:24 ]
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1楼 2008-10-17 10:08:00
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yusen_1982

荣誉版主 (职业作家)

小木虫最高学位委员会主席
★ ★
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢！
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):xiexie!
同问，急切等待牛人解答
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路漫漫其修远兮吾将上下而求索
2楼2008-10-17 14:01:58
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bioman

木虫之王 (著名写手)
★
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):刚才弄错了，晕，谢谢你
浙大化学系wu tao做这个。你可以看看
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3楼2008-10-17 15:36:04
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shaoqingfly

铁虫 (初入文坛)
★
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢，请问做蛋白质在材料表面的吸附他们各有什么特点呢？
gromacs，Amber，Charmm 或者NAMD都可以做。
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4楼2008-10-17 16:02:54
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yusen_1982

荣誉版主 (职业作家)

小木虫最高学位委员会主席
4楼虫友可否详细介绍下
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路漫漫其修远兮吾将上下而求索
5楼2008-10-17 16:05:52
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sunbuct

木虫 (正式写手)
★ ★
blackdust(金币+1,VIP+0):谢谢，辛苦了！
hangruiqiang(金币+1,VIP+0):谢谢！
GROMACS、AMBER、HyperChem、CHARMM、NAMD、IMD都可以。
请参考：中国科学院研究生院硕士学位论文
用力学的观点研究贻贝粘着蛋白的微观机制
或文献：
[1] Gunsteren W F, Billeter S R, Eising A A, Hünenberger P H, Krüger P, Mark A E, Scott W R P and Tironi I G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide. Zürich: Vdf Hochschulverlag, 1996.
[2] Brooks B R, Bruccoleri R E, Olafson B D, States D J, Swaminathan S and Karplus M. CHARMM: A Program for Macromolecular Energy, Minimization and Dynamics Calculations. J. Comp. Chem., 1983, 4, 187.
[3] Cornell W D, Cieplak P, Bayly C I, Gould I R, Merz K M J, Fergusson D M, Spellmeyer D C, Fox T, Caldwell J W and Kollman P A. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc., 1995, 117, 5179-5197.
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6楼2008-10-23 12:13:08
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nh13

木虫 (正式写手)
还有富士通出品的Material Explorer
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7楼2008-10-24 15:42:47
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nonfouling

木虫 (正式写手)
没钱做模拟啊
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8楼2008-12-18 10:39:04
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