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Autodock活性中心由金属离子和非标准氨基酸的对接 已有1人参与
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大家好， 最近我在对接金属酶和它的底物时遇到了问题。受体是腈水合酶，活性中心由一个金属钴离子和两个被氧化的半胱氨酸（非标准氨基酸）。对接过程没有出错，但是到了结果分析，一按interaction就会报错 我把错误和原始文件上传了 请大家帮我看看怎么处理这个问题 参数应该怎么修改呢 谢谢大家了 *Python Shell* Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 929, in tryto result = command( *args, **kw ) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2922, in build self.buildLigandDisplay() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2788, in buildLigandDisplay self.vf.computeMSMS(lig, surfName, perMol=1, topCommand=0, display=self.showMsms.get()) AttributeError: MoleculeViewer instance has no attribute 'computeMSMS' Unable to assign HYB type to atom Co Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 929, in tryto result = command( *args, **kw ) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2922, in build self.buildLigandDisplay() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2788, in buildLigandDisplay self.vf.computeMSMS(lig, surfName, perMol=1, topCommand=0, display=self.showMsms.get()) AttributeError: MoleculeViewer instance has no attribute 'computeMSMS' |
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2016-03-15 15:34:20, 163.45 K
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3楼2016-03-16 08:58:55
wbfeng721
金虫 (初入文坛)
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- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-03-15 20:50:20
4楼2016-03-16 10:32:30
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