| 查看: 1669 | 回复: 3 | |||
[求助]
Autodock活性中心由金属离子和非标准氨基酸的对接 已有1人参与
|
|
大家好， 最近我在对接金属酶和它的底物时遇到了问题。受体是腈水合酶，活性中心由一个金属钴离子和两个被氧化的半胱氨酸（非标准氨基酸）。对接过程没有出错，但是到了结果分析，一按interaction就会报错 我把错误和原始文件上传了 请大家帮我看看怎么处理这个问题 参数应该怎么修改呢 谢谢大家了 *Python Shell* Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 929, in tryto result = command( *args, **kw ) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2922, in build self.buildLigandDisplay() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2788, in buildLigandDisplay self.vf.computeMSMS(lig, surfName, perMol=1, topCommand=0, display=self.showMsms.get()) AttributeError: MoleculeViewer instance has no attribute 'computeMSMS' Unable to assign HYB type to atom Co Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/ViewerFramework/VF.py", line 929, in tryto result = command( *args, **kw ) File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2922, in build self.buildLigandDisplay() File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/AutoDockTools/autoanalyzeCommands.py", line 2788, in buildLigandDisplay self.vf.computeMSMS(lig, surfName, perMol=1, topCommand=0, display=self.showMsms.get()) AttributeError: MoleculeViewer instance has no attribute 'computeMSMS' |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : cheng.zip
2016-03-15 15:34:20, 163.45 K
» 猜你喜欢
328求调剂
已经有7人回复
-
340求调剂
已经有5人回复
-
一志愿南昌大学324求调剂
已经有4人回复
-
求调剂推荐 材料 304
已经有15人回复
-
291求调剂
已经有19人回复
-
331环境科学与工程求调剂
已经有3人回复
-
289求调剂
已经有8人回复
-
315分求调剂
已经有7人回复
-
295求调剂
已经有6人回复
-
291求调剂
已经有7人回复
wbfeng721
金虫 (初入文坛)
- 应助: 12 (小学生)
- 金币: 1214.3
- 红花: 2
- 帖子: 26
- 在线: 33.2小时
- 虫号: 470575
- 注册: 2007-11-29
- 专业: 理论和计算化学
2楼2016-03-15 20:50:20
3楼2016-03-16 08:58:55
4楼2016-03-16 10:32:30
