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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 在设计引物时自由能什么样好？
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霜落雪

铁虫 (初入文坛)

[求助] 在设计引物时自由能什么样好？ 已有1人参与

做巢式pcr的第一对引物，上游引物我设计了两条，设计的两条引物用DNAMAN看结构差不多，都是存在三个小的茎环结构，不过第一个自由能-2.54，第二个自由能1.21；用primer5.0看时两个都存在Hairpin和Dimer，dimer的值都是-10.4。
1.想问一下自由能正负有什么区别
2.dimer超过10可以么
3两条引物选择哪条做好呢，还是都差不多？
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1楼 2016-03-13 21:43:53
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
二聚体的自由能负值越大，结合力越强。-10也可以用，毕竟Tm值明显比PCR的退火温度低。
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2楼2016-03-14 10:53:46
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