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soutree

木虫 (正式写手)


[交流] 求助从两个不同表型找差异基因的方法

如题,目前手头有两个表型不一样的拟南芥植株,我们想从两者中找到影响表型变化的差异基因,不知道用什么方法靠谱一些。
求大神给些提示,做哪些会有帮助?

初步想做RNA-seq,不知道哪个公司做的好一点?
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KOP利

新虫 (小有名气)



soutree(金币+1): 谢谢参与
你这标题说的不是很明确。你确定是基因的差异表达还是基因突变造成的表型区别吗?如果不确定的话,只知道有基因差异表达了,那确实可以用转录组测序去验证一下。不过我提示你:如果用转录组测序做出来的结果,可能有差异表达的基因相当多。得到这么多的差异基因,下一步怎么研究你也会不知所措吧。还有就是,现在做转录组测序不是看哪个公司的质量好,现在测序的价格都降下来了,哪个公司都能保证质量的前提下做一套转录组测序实验,关键是看怎样找到那些既价格低廉又用心做数据分析服务的公司。明天我师姐回来,我给你问问之前老板让她跟合作做micro RNA测序的公司是哪家。到时候给你建议下

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22楼2016-03-08 16:00:26
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fengyuran

新虫 (正式写手)



soutree(金币+1): 谢谢参与
你确定不同表型是SNP造成的吗?

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7楼2016-03-08 13:37:06
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soutree

木虫 (正式写手)


引用回帖:
7楼: Originally posted by fengyuran at 2016-03-08 13:37:06
你确定不同表型是SNP造成的吗?

我不能确定表型的变化是否是snp引起的,只想知道是不是表达造成的?有什么好的方法吗?

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21楼2016-03-08 15:31:31
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soutree

木虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by KOP利 at 2016-03-08 16:00:26
你这标题说的不是很明确。你确定是基因的差异表达还是基因突变造成的表型区别吗?如果不确定的话,只知道有基因差异表达了,那确实可以用转录组测序去验证一下。不过我提示你:如果用转录组测序做出来的结果,可能有 ...

嗯,我也是帮别人问的,才知道是因为转基因造成的表型差异,想做转录组,想知道国内哪家公司转录组做的好,分析的好,价格便宜? 如果方便的话,麻烦你帮我问问吧,十分感谢!

发自小木虫Android客户端
23楼2016-03-08 16:09:34
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KOP利

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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23楼: Originally posted by soutree at 2016-03-08 16:09:34
嗯,我也是帮别人问的,才知道是因为转基因造成的表型差异,想做转录组,想知道国内哪家公司转录组做的好,分析的好,价格便宜? 如果方便的话,麻烦你帮我问问吧,十分感谢!
...

好吧,那是确定要用转录组测序去分析了,对吗?我给你问过我师姐了,她之前做micro RNA测序是在上海英拜生物科技有限公司做的,师姐说当时做的是1个样本4500元,包括实验、测序加所有的数据分析服务。但转录组测序不知道多少钱一个样本,不过我听师姐说现在测序实验的价格都降下来了,转录组是最常规的,肯定比micro RNA测序便宜。你参考这个4500元的价格去问公司吧,比这个贵的就不要做了。我这边是上海六院糖尿病研究所的。不知道你是哪里?

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24楼2016-03-09 13:33:35
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soutree

木虫 (正式写手)


送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by KOP利 at 2016-03-09 13:33:35
好吧,那是确定要用转录组测序去分析了,对吗?我给你问过我师姐了,她之前做micro RNA测序是在上海英拜生物科技有限公司做的,师姐说当时做的是1个样本4500元,包括实验、测序加所有的数据分析服务。但转录组测序 ...

嗯,确定做转录组了,我是帮北师大生科院问的,他们做拟南芥,我是东北林大的。谢谢你的帮助,十分感谢!

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25楼2016-03-09 15:56:05
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KOP利

新虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by soutree at 2016-03-09 15:56:05
嗯,确定做转录组了,我是帮北师大生科院问的,他们做拟南芥,我是东北林大的。谢谢你的帮助,十分感谢!
...

哪有什么谢不谢的,同样都是科研狗。。。能帮到的地方也只是学术上交流下。我这边是上海交大医学院附属六院糖尿病研究所的,据我所知,我们医学院、瑞金医院、上海市肿瘤研究所等这些单位都要做测序实验的,听师姐说以前都是跟华大合作的,做完测序丢一大堆数据给师姐她们,结果有些实验因为不会分析数据就白做了,不过现在上海这边测序公司多了,都是既做实验又做服务的。北京那边我不清楚,应该也有很多测序公司吧
26楼2016-03-09 16:21:32
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tzynew2楼
2016-03-08 12:37   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
2016-03-08 12:57   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
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hydzp4楼
2016-03-08 13:18   回复  
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a
2016-03-08 13:20   回复  
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祝福 发自小木虫Android客户端
Sammy26楼
2016-03-08 13:30   回复  
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tuomux8楼
2016-03-08 13:47   回复  
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qingbait9楼
2016-03-08 13:55   回复  
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qikongk10楼
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shihanj11楼
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jiuguop12楼
2016-03-08 14:00   回复  
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kechenq13楼
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liuhuanjq14楼
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yaoxuanf15楼
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piaozhoup16楼
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cuiweig20楼
2016-03-08 14:16   回复  
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