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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助从两个不同表型找差异基因的方法
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soutree

木虫 (正式写手)

[交流] 求助从两个不同表型找差异基因的方法

如题，目前手头有两个表型不一样的拟南芥植株，我们想从两者中找到影响表型变化的差异基因，不知道用什么方法靠谱一些。
求大神给些提示，做哪些会有帮助？

初步想做RNA-seq，不知道哪个公司做的好一点？
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1楼 2016-03-08 12:00:20
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KOP利

新虫 (小有名气)
★
soutree(金币+1): 谢谢参与
你这标题说的不是很明确。你确定是基因的差异表达还是基因突变造成的表型区别吗？如果不确定的话，只知道有基因差异表达了，那确实可以用转录组测序去验证一下。不过我提示你：如果用转录组测序做出来的结果，可能有差异表达的基因相当多。得到这么多的差异基因，下一步怎么研究你也会不知所措吧。还有就是，现在做转录组测序不是看哪个公司的质量好，现在测序的价格都降下来了，哪个公司都能保证质量的前提下做一套转录组测序实验，关键是看怎样找到那些既价格低廉又用心做数据分析服务的公司。明天我师姐回来，我给你问问之前老板让她跟合作做micro RNA测序的公司是哪家。到时候给你建议下
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soutree
22楼2016-03-08 16:00:26
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fengyuran

新虫 (正式写手)
★
soutree(金币+1): 谢谢参与
你确定不同表型是SNP造成的吗？

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7楼2016-03-08 13:37:06
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soutree

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by fengyuran at 2016-03-08 13:37:06
你确定不同表型是SNP造成的吗？

我不能确定表型的变化是否是snp引起的，只想知道是不是表达造成的？有什么好的方法吗？

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21楼2016-03-08 15:31:31
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soutree

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
22楼: Originally posted by KOP利 at 2016-03-08 16:00:26
你这标题说的不是很明确。你确定是基因的差异表达还是基因突变造成的表型区别吗？如果不确定的话，只知道有基因差异表达了，那确实可以用转录组测序去验证一下。不过我提示你：如果用转录组测序做出来的结果，可能有 ...

嗯，我也是帮别人问的，才知道是因为转基因造成的表型差异，想做转录组，想知道国内哪家公司转录组做的好，分析的好，价格便宜？ 如果方便的话，麻烦你帮我问问吧，十分感谢！

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23楼2016-03-08 16:09:34
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KOP利

新虫 (小有名气)
★
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23楼: Originally posted by soutree at 2016-03-08 16:09:34
嗯，我也是帮别人问的，才知道是因为转基因造成的表型差异，想做转录组，想知道国内哪家公司转录组做的好，分析的好，价格便宜？ 如果方便的话，麻烦你帮我问问吧，十分感谢！
...

好吧，那是确定要用转录组测序去分析了，对吗？我给你问过我师姐了，她之前做micro RNA测序是在上海英拜生物科技有限公司做的，师姐说当时做的是1个样本4500元，包括实验、测序加所有的数据分析服务。但转录组测序不知道多少钱一个样本，不过我听师姐说现在测序实验的价格都降下来了，转录组是最常规的，肯定比micro RNA测序便宜。你参考这个4500元的价格去问公司吧，比这个贵的就不要做了。我这边是上海六院糖尿病研究所的。不知道你是哪里？
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soutree
24楼2016-03-09 13:33:35
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soutree

木虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by KOP利 at 2016-03-09 13:33:35
好吧，那是确定要用转录组测序去分析了，对吗？我给你问过我师姐了，她之前做micro RNA测序是在上海英拜生物科技有限公司做的，师姐说当时做的是1个样本4500元，包括实验、测序加所有的数据分析服务。但转录组测序 ...

嗯，确定做转录组了，我是帮北师大生科院问的，他们做拟南芥，我是东北林大的。谢谢你的帮助，十分感谢！

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25楼2016-03-09 15:56:05
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KOP利

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by soutree at 2016-03-09 15:56:05
嗯，确定做转录组了，我是帮北师大生科院问的，他们做拟南芥，我是东北林大的。谢谢你的帮助，十分感谢！
...

哪有什么谢不谢的，同样都是科研狗。。。能帮到的地方也只是学术上交流下。我这边是上海交大医学院附属六院糖尿病研究所的，据我所知，我们医学院、瑞金医院、上海市肿瘤研究所等这些单位都要做测序实验的，听师姐说以前都是跟华大合作的，做完测序丢一大堆数据给师姐她们，结果有些实验因为不会分析数据就白做了，不过现在上海这边测序公司多了，都是既做实验又做服务的。北京那边我不清楚，应该也有很多测序公司吧
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26楼2016-03-09 16:21:32
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tzynew2楼
2016-03-08 12:37   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
renqingyao3楼
2016-03-08 12:57   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
祝福
hydzp4楼
2016-03-08 13:18   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
a
这只是暂时的5楼
2016-03-08 13:20   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
祝福 发自小木虫Android客户端
Sammy26楼
2016-03-08 13:30   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
tuomux8楼
2016-03-08 13:47   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
祝福
qingbait9楼
2016-03-08 13:55   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
qikongk10楼
2016-03-08 13:55   回复  
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shihanj11楼
2016-03-08 13:55   回复  
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jiuguop12楼
2016-03-08 14:00   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
支持
kechenq13楼
2016-03-08 14:06   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
祝福
liuhuanjq14楼
2016-03-08 14:08   回复  
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yaoxuanf15楼
2016-03-08 14:08   回复  
soutree(金币+1): 谢谢参与
祝福
piaozhoup16楼
2016-03-08 14:13   回复  
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chenhuac17楼
2016-03-08 14:15   回复  
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wenwenl18楼
2016-03-08 14:15   回复  
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zhaolongvr19楼
2016-03-08 14:15   回复  
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祝福
cuiweig20楼
2016-03-08 14:16   回复  
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