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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » cif 这个怎么改：PLAT780_ALERT_1_A没成功啊！！
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

[交流] cif 这个怎么改：PLAT780_ALERT_1_A没成功啊！！

PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?
求教！！！！谢谢！！！

[ Last edited by mx52309 on 2008-10-20 at 09:24 ]
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1楼 2008-10-13 19:16:51
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
用SGen把原子聚到一起, 重修一下就ok了.
不知道我的理解对不对.
看看你的cif便知.
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xi2004-emuch@163.com
2楼2008-10-13 20:39:02
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

SGen是怎么用？？

SGen是怎么用？？没明白啊，大侠
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3楼2008-10-14 08:19:49
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

没解决啊，大家帮忙啦

没解决啊，大家帮忙啦
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4楼2008-10-15 17:04:04
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mengxianggao

木虫 (正式写手)

新手
偶尔我也碰到过，不知道是怎么回事，哪位出来说一下。
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新手学习
5楼2008-10-15 20:51:43
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wangningsir

木虫 (著名写手)

上书房行走
★
mx52309(金币+1,VIP+0):谢谢，我试一下，呵呵
有没有用过platon中的structure tidy命令（再精修一轮）？也许可以哦
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文艺青年researchid: http://www.researcherid.com/rid/G-7891-2011
6楼2008-10-15 22:35:18
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

还没行啊

还没行啊，帮忙
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7楼2008-10-20 09:24:12
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
mx52309(金币+1,VIP+0):好了！但是怎么又出了个错误760
发给我看一下.
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xi2004-emuch@163.com
8楼2008-10-20 09:26:17
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
就是我说的该连在一起的原子却没有连在一起的
在XP中,
用envi指令, 看重要原子周围连接情况,
然后用sgen指令, 产生对称位置的原子,
使得主要原子周围的连接原子的对称码大部分为1555.
file
产生新的.ins,
重新修正到收敛,
okay.

比如一个4,4-bpy, 你要尽量让它连在一起. 形成一个完整的配体, 而不是东一个原子, 西一个原子.
引用回帖:
PLAT780 Type_1 Test whether coordinates form a connected set

Atoms given in a CIF should form a 'connected set', i.e. no symmetry
operations are needed to get atoms in a bonding position. A connected set of
atoms is not needed for the least squares refinement (unless hydrogen atoms
are to be added at calculated positions). Geometry listings (bonds, angles,
torsions & H-bonds) become unwieldy for non-connected atom sets.
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xi2004-emuch@163.com
9楼2008-10-20 13:28:58
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

怎么又出这个了

PLAT760
PLAT760 Type_1 Test for the presence of at least one torsion angle in the CIF

The CIF contains no torsion angle entries. This might be caused by not using
the SHELXL instruction CONF.
Inclusion is required by Acta Cryst. but not necessarily so by other journals.
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10楼2008-10-21 16:16:41
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