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mx52309

铜虫 (初入文坛)

[交流] cif 这个怎么改:PLAT780_ALERT_1_A没成功啊!!

PLAT780_ALERT_1_A Coordinates do not Form a Properly Connected Set          ?
求教!!!!谢谢!!!

[ Last edited by mx52309 on 2008-10-20 at 09:24 ]
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

就是我说的该连在一起的原子却没有连在一起的
在XP中,
用envi指令, 看重要原子周围连接情况,
然后用sgen指令, 产生对称位置的原子,
使得主要原子周围的连接原子的对称码大部分为1555.
file
产生新的.ins,
重新修正到收敛,
okay.

比如一个4,4-bpy, 你要尽量让它连在一起. 形成一个完整的配体, 而不是东一个原子, 西一个原子.
引用回帖:
PLAT780 Type_1 Test whether coordinates form a connected set

Atoms given in a CIF should form a 'connected set', i.e. no symmetry
operations are needed to get atoms in a bonding position. A connected set of
atoms is not needed for the least squares refinement (unless hydrogen atoms
are to be added at calculated positions). Geometry listings (bonds, angles,
torsions & H-bonds) become unwieldy for non-connected atom sets.

xi2004-emuch@163.com
9楼2008-10-20 13:28:58
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

用SGen把原子聚到一起, 重修一下就ok了.
不知道我的理解对不对.
看看你的cif便知.
xi2004-emuch@163.com
2楼2008-10-13 20:39:02
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

SGen是怎么用??

SGen是怎么用??没明白啊,大侠
3楼2008-10-14 08:19:49
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mx52309

铜虫 (初入文坛)

没解决啊,大家帮忙啦

没解决啊,大家帮忙啦
4楼2008-10-15 17:04:04
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