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好孩子坏孩子

金虫 (著名写手)

[交流] Autodock对接能量小于多少认为对接成功 已有4人参与

利用Autodock做分子对接是,对接能量小于多少认为对接成功呢?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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张德涛

木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
感觉没有一个确定的数,不是有设置对接构像的个数么?我都是选择对接构象中能量低的那一个

发自小木虫Android客户端
2楼2016-02-29 00:00:54
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阿狸1205

捐助贵宾 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
最好是有一个阳性对照,就能大概确定对接效果了
3楼2016-02-29 09:34:11
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flyingcity

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
要先用晶体结构中的配体进行对接(redock),直到获得跟晶体结构中很相似的构象,以这个为标准来衡量你新设计的化合物的结合能,对接结合能是相对值,不是绝对值,所以要先建立参照系。在进行redock的时候,尽量多用几个带配体的晶体结构,看哪个的配体和你的配体结构类似,就选哪个。
4楼2016-02-29 10:53:19
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


对接能量只要为负值就可以,能量越低越稳定
5楼2016-03-03 09:29:58
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