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xuheping

[交流] 在线等,关于3‘RACE,求助高手!

最近在做RACE,是很简单的3'RACE,但是做了半个月了,都没有P出条带来。 很着急!
   
    我是用自己设计的5'-GGCCACGCGTCGACTAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTT-3'做反转录,然后用5'-GGCCACGCGTCGACTAGTAC-3' 与自己的特异性上游引物(1)做PCR,没有条带出现。但是我还是用这个
5'-GGCCACGCGTCGACTAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTT-3'引物反转录的第一链做模板,用特异性上游引物(1)与一个特异性的下游引物(2)做中间一个片段的PCR时,却是可以P出目的条带的,不知道问题出在哪里。延伸时间已经很长了,退火温度也调到最低。两个相同的反应体系,只是下游的引物不一样而已,为什么RACE就做不出呢?求达人指点一下!
   
   而且我用自己设计的接头接头引物反转录出来的模板,P一些特定的片段时经常是没有结果的,而用试剂盒自带的oligDT引物反转录之后,就可以P出这些特定的条带,这是不是说明我的Race引物有问题呢?应该怎么改?或者注意什么?

  还有,大家在做完反转录后PCR时,是用反转录的原液来做模板,还是稀释了多少倍后再用来做模板啊?
好像还看到有的说明书上说要将一次反转录的原液(20ul)一次性的做某一片段的PCR,而且还不用再加DNTP(因为反转录时已经加了),有人这样做过吗?
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superarm

金虫 (正式写手)

再设计一个特异性引物,做个巢式PCR.
与分子生物学的同仁一起遨游科学的海洋!
2楼2008-10-12 11:21:46
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taishuai2004

我也没有仔细琢磨
你在考虑一下  
是不是应该是GGCCACGCGTCGACTAGTAC的反向互补序列
而且反转录的引物在合时 你应该告诉公司做RNAase处理
3楼2008-10-12 16:57:27
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xuheping

做巢式的话是针对RACE的特异性不好来说的吧?即有多条条带时,为了提高特异性才来做的,而我这个是没有条带!

我觉得楼上的一点倒是提醒了我,也许这个引物需要提醒公司做RNA酶消化处理。那个接头引物不用反的。
4楼2008-10-13 09:06:14
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xuheping

刚问了,居然说国内的引物没有RNA FREE这种处理的技术!还是不知道原因在哪里
5楼2008-10-13 09:31:03
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superarm

金虫 (正式写手)

★
司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-26 17:04
引物好像没有必要RNA FREE处理,我都用生工的引物,基因丰度低的有必要二次扩增。最好巢式,我的经验之谈 。
与分子生物学的同仁一起遨游科学的海洋!
6楼2008-10-14 17:01:37
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