应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助用pymol画多肽三维结构
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 3605  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

1008106004

新虫 (小有名气)

[求助] 求助用pymol画多肽三维结构 已有2人参与

各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢？）急用，多谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-02-25 21:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 吴丰旭 at 2016-02-26 09:09:03
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！

这个链接过期了，能不能麻烦你再发一个私信也行
赞一下 回复此楼
3楼2016-04-23 14:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

吴丰旭

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1008106004: 金币+4, ★有帮助 2016-02-29 15:46:59
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！
赞一下 回复此楼
2楼2016-02-26 09:09:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)
请问楼主你的问题解决了吗？？求分享经验~~
赞一下 回复此楼
4楼2016-04-23 14:58:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1008106004: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-06-06 10:33:36
PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件，它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸？如果较少，用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型，然后进行分子动力学（MD）模拟即可；如果很多，采用Modeller等软件进行同源模建，再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/"
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2016-04-24 10:52:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703本科郑州大学求调剂 +7 nhj_ 2026-03-25 7/350 2026-03-30 12:44 by fangnagu
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +14 jhybd 2026-03-23 19/950 2026-03-30 10:34 by vgtyfty
[考研] 材料科学与工程求调剂 +6 深V宿舍吧 2026-03-29 6/300 2026-03-29 20:51 by 唐沐儿
[考研] 329求调剂 +10 钮恩雪 2026-03-25 10/500 2026-03-29 13:32 by peike
[考研] 一志愿郑州大学，080500学硕，总分317分求调剂 +8 举个栗子oi 2026-03-24 9/450 2026-03-29 13:08 by peike
[考研] 求调剂，一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕，总分289分 +7 @taotao 2026-03-29 7/350 2026-03-29 12:03 by longlotian
[考研] 求调剂 +6 芦lty 2026-03-25 7/350 2026-03-28 13:13 by 唐沐儿
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-03-28 3/150 2026-03-28 12:04 by 王保杰33
[考研] 339求调剂，想调回江苏 +6 烤麦芽 2026-03-27 8/400 2026-03-28 10:40 by 烤麦芽
[考研] 315分求调剂 +7 26考研上岸版26 2026-03-26 7/350 2026-03-28 04:05 by fmesaito
[考研] 一志愿211院校 344分 东北农业大学生物学学硕，求调剂 +5 丶风雪夜归人丶 2026-03-26 8/400 2026-03-27 19:22 by 丶风雪夜归人丶
[考研] 考研调剂 +4 Sanmu-124 2026-03-26 4/200 2026-03-27 17:49 by kiokin
[考研] 085600，材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 6/300 2026-03-27 14:11 by 松花缸1201
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 环境专硕324分求调剂推荐 +5 轩小宁—— 2026-03-26 5/250 2026-03-26 12:05 by i_cooler
[考研] 一志愿哈工大，085400，320，求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 07化学303求调剂 +5 睿08 2026-03-25 5/250 2026-03-25 22:46 by 418490947
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 材料专硕331求调剂 +4 鲜当牛 2026-03-24 4/200 2026-03-24 15:58 by JourneyLucky
[考研] 085404电子信息284分求调剂 +4 13659058978 2026-03-24 4/200 2026-03-24 12:15 by syl20081243
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭