应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助用pymol画多肽三维结构
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 3608  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

1008106004

新虫 (小有名气)

[求助] 求助用pymol画多肽三维结构 已有2人参与

各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢？）急用，多谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2016-02-25 21:38:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吴丰旭

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1008106004: 金币+4, ★有帮助 2016-02-29 15:46:59
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！
赞一下 回复此楼
2楼2016-02-26 09:09:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 吴丰旭 at 2016-02-26 09:09:03
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！

这个链接过期了，能不能麻烦你再发一个私信也行
赞一下 回复此楼
3楼2016-04-23 14:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)
请问楼主你的问题解决了吗？？求分享经验~~
赞一下 回复此楼
4楼2016-04-23 14:58:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1008106004: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-06-06 10:33:36
PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件，它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸？如果较少，用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型，然后进行分子动力学（MD）模拟即可；如果很多，采用Modeller等软件进行同源模建，再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/"
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2016-04-24 10:52:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1008106004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 学术黄 at 2016-04-23 14:58:58
请问楼主你的问题解决了吗？？求分享经验~~

很遗憾并没有构建出来，我只知道如果这个氨基酸序列可以找到其PDB文件，就可以在pymol里构建出来
赞一下 回复此楼
6楼2016-06-06 10:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 1008106004 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +13 032500 2026-03-25 13/650 2026-03-30 16:25 by wangjy2002
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
[考研] 296求调剂 +10 彼岸t 2026-03-29 10/500 2026-03-30 10:50 by 探123
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 6/300 2026-03-29 14:16 by Qshers
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +14 zhubinhao 2026-03-27 14/700 2026-03-29 10:01 by Sjndkwm
[考研] 材料学硕333求调剂 +11 北道巷 2026-03-24 11/550 2026-03-29 08:31 by fmesaito
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 311（085601）求调剂 +4 liziyeyeye 2026-03-28 4/200 2026-03-28 18:50 by 535743368
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 0703化学338求调剂！ +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭