24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 3608  |  回复: 5

1008106004

新虫 (小有名气)

[求助] 求助用pymol画多肽三维结构 已有2人参与

各位有没有知道怎么根据多肽的序列,用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型,(用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以?我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列,不知道名字,这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢?)急用,多谢了!
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

吴丰旭

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1008106004: 金币+4, 有帮助 2016-02-29 15:46:59
非要用pymol么?我没用pymol弄过,不知道能不能画,但是我用Amber里面的xleap构建过小肽,这个可以实现!
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分!
2楼2016-02-26 09:09:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 吴丰旭 at 2016-02-26 09:09:03
非要用pymol么?我没用pymol弄过,不知道能不能画,但是我用Amber里面的xleap构建过小肽,这个可以实现!
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分!

这个链接过期了,能不能麻烦你再发一个私信也行
3楼2016-04-23 14:49:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

学术黄

新虫 (小有名气)

请问楼主你的问题解决了吗??求分享经验~~
4楼2016-04-23 14:58:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★
1008106004: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-06-06 10:33:36
PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件,它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸?如果较少,用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型,然后进行分子动力学(MD)模拟即可;如果很多,采用Modeller等软件进行同源模建,再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见:"http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/"
5楼2016-04-24 10:52:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1008106004

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 学术黄 at 2016-04-23 14:58:58
请问楼主你的问题解决了吗??求分享经验~~

很遗憾并没有构建出来,我只知道如果这个氨基酸序列可以找到其PDB文件,就可以在pymol里构建出来
6楼2016-06-06 10:33:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 1008106004 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 332求调剂 +13 032500 2026-03-25 13/650 2026-03-30 16:25 by wangjy2002
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
[考研] 296求调剂 +10 彼岸t 2026-03-29 10/500 2026-03-30 10:50 by 探123
[考研] 22408 359分调剂 +4 Qshers 2026-03-27 6/300 2026-03-29 14:16 by Qshers
[考研] 340求调剂 +6 Amber00 2026-03-26 6/300 2026-03-29 12:06 by 无际的草原
[考研] 0856材料化工调剂 总分330 +14 zhubinhao 2026-03-27 14/700 2026-03-29 10:01 by Sjndkwm
[考研] 材料学硕333求调剂 +11 北道巷 2026-03-24 11/550 2026-03-29 08:31 by fmesaito
[考研] 305求调剂 +8 RuiFairyrui 2026-03-28 8/400 2026-03-29 08:22 by fmesaito
[考研] 311(085601)求调剂 +4 liziyeyeye 2026-03-28 4/200 2026-03-28 18:50 by 535743368
[考研] 331环境科学与工程求调剂 +3 熠然好运气 2026-03-27 3/150 2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 330一志愿中国海洋大学 化学工程 085602 有读博意愿 求调剂 +3 wywy.. 2026-03-27 4/200 2026-03-28 03:32 by fmesaito
[考研] 275求调剂 +10 jjjjjjjjjjl 2026-03-27 10/500 2026-03-27 23:47 by barnett0632
[考研] 070300化学求调剂 +4 起个名咋这么难 2026-03-27 4/200 2026-03-27 21:39 by 83503孙老师
[考研] 一志愿南师大0703化学 275求调剂 +4 Ripcord上岸 2026-03-27 4/200 2026-03-27 17:00 by zhyzzh
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 0703化学338求调剂! +6 Zuhui0306 2026-03-26 7/350 2026-03-27 10:35 by shangxh
[考研] 286求调剂 +4 lim0922 2026-03-26 4/200 2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 304材料求调剂 +4 钟llll 2026-03-26 4/200 2026-03-27 03:42 by wxiongid
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 调剂 +4 13853210211 2026-03-24 4/200 2026-03-24 19:44 by ms629
信息提示
请填处理意见