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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助用pymol画多肽三维结构
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1008106004

新虫 (小有名气)

[求助] 求助用pymol画多肽三维结构 已有2人参与

各位有没有知道怎么根据多肽的序列，用pymol软件构建出这个多肽的三维结构模型，（用pymol软件来构建模型的时候是不是都要首先找到其相应的PDB文件才可以？我手头的这个多肽只知道它的氨基酸序列，不知道名字，这种情况该怎么用pymol来构建出三维模型呢？）急用，多谢了！
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1楼 2016-02-25 21:38:49
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吴丰旭

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1008106004: 金币+4, ★有帮助 2016-02-29 15:46:59
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！
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2楼2016-02-26 09:09:03
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学术黄

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 吴丰旭 at 2016-02-26 09:09:03
非要用pymol么？我没用pymol弄过，不知道能不能画，但是我用Amber里面的xleap构建过小肽，这个可以实现！
http://pan.baidu.com/s/1dEdZp7b
你可以下载这个文件参看第一部分！

这个链接过期了，能不能麻烦你再发一个私信也行
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3楼2016-04-23 14:49:05
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学术黄

新虫 (小有名气)
请问楼主你的问题解决了吗？？求分享经验~~
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4楼2016-04-23 14:58:58
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
1008106004: 金币+2, ★★★很有帮助 2016-06-06 10:33:36
PyMOL着实不是一个好的分子模拟软件，它更适合用于分子图形显示。
多肽有多少个氨基酸？如果较少，用Amber的tleap或者其他软件构建好初步模型，然后进行分子动力学（MD）模拟即可；如果很多，采用Modeller等软件进行同源模建，再进行MD模拟。Amber和Modeller教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial/"
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5楼2016-04-24 10:52:42
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1008106004

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 学术黄 at 2016-04-23 14:58:58
请问楼主你的问题解决了吗？？求分享经验~~

很遗憾并没有构建出来，我只知道如果这个氨基酸序列可以找到其PDB文件，就可以在pymol里构建出来
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6楼2016-06-06 10:33:13
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