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major016

木虫 (著名写手)

[求助] 请教HIP/HIE/HID代表什么意思

如题。
下面这些又是什么意思?
(1)N HID NE2 & HIE ND1
(2)NH HIP ND1 & NE2
先谢谢了!
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
major016: 金币+8, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2013-04-02 11:02:13
major016: 金币+2, 谢谢 2013-04-26 11:58:04
HID HIE和HIP就是分别对应组氨酸的三种质子化状态。(1)HID就是指,组氨酸的ε位置上的氮原子被质子化;HIE值得是组氨酸的δ位置的氮原子被质子化。(2)HIP就好理解了,就是上面提到的两个位置的氮原子都被质子化。希望没记错,应该是这样的。
努力的生活着
2楼2013-04-02 09:47:55
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wangyan10

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wangyan10 at 2013-04-02 09:47:55
HID HIE和HIP就是分别对应组氨酸的三种质子化状态。(1)HID就是指,组氨酸的ε位置上的氮原子被质子化;HIE值得是组氨酸的δ位置的氮原子被质子化。(2)HIP就好理解了,就是上面提到的两个位置的氮原子都被质子化 ...

写完了我又看了一下,位置有可能说错了,但是大概的意思就是这样的。组氨酸在模拟过程中的不同表示,主要就是考虑它的质子化状态的不同。就是分三种情况来分别讨论。也就是δ,ε位上氮原子的不同质子化状态来区分组氨酸的三种不同形态的。
努力的生活着
3楼2013-04-02 09:50:39
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jackyma

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
major016: 金币+8, ★★★很有帮助, 非常感谢! 2013-04-02 11:02:29
major016: 金币+2, 有帮助, 谢谢 2013-04-26 11:57:58
2楼说的没错,是HIS的三种质子化状态,
HID--δ位置N原子被质子化(通俗说就是多一个H原子)
HIE--ε位置N原子被质子化
HIP-- 两个位置都被质子化。
具体用哪个名字,要根据HIS在你的蛋白质中的pKa值和你的体系的pH值来确定。
一般情况下,pKa值小于pH值的情况下用HID或HIE,pKa值大于pH值的情况下用HIP。

给你一个网站可以评估残基周围的pKa值 http://propka.ki.ku.dk/
4楼2013-04-02 10:51:11
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