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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属？
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知

[求助] 在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属？ 已有1人参与

我提了未知真菌的基因，用ITS引物进行扩增，后送去测序，得到的序列在ncbi网站上进行blast，然后结果出来后如何从这些对比中来确定种属，如下图，我如何从这几个参数中确定？哪个参数最重要最具参考价值？请虫友帮忙解答，谢谢！

在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属？
bw1800h2010903_1496308594_899.jpg
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事在人为
1楼 2017-06-05 17:38:56
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Alex1


发自小木虫IOS客户端
2楼2017-06-05 18:02:57
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不懂事的我

新虫 (正式写手)
★
小冀-: 金币+1, 鼓励回帖交流 2017-06-06 08:55:10
比对结果的第一个参考价值比较大，差不服就相近物种

发自小木虫Android客户端
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3楼2017-06-06 08:51:54
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
方少贤: 金币+7, ★★★很有帮助 2017-06-07 09:37:37
看E-value值和总分，E-value值相当小，总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了
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···
4楼2017-06-06 08:54:55
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小冀- at 2017-06-06 08:54:55
看E-value值和总分，E-value值相当小，总分99或者100的基本上可以认为是同一个种属的了

总分就是指total score吗？E-value值都是0，另外iden和query cover这两项该怎么分析，有多少参考价值？谢谢！
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事在人为
5楼2017-06-06 11:30:41
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
3楼: Originally posted by 不懂事的我 at 2017-06-06 08:51:54
比对结果的第一个参考价值比较大，差不服就相近物种

如果前边几个都相同的话可能就是这个物种，但是如果从第二个开始就不一样了，这样该怎么分析呢？谢谢！
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事在人为
6楼2017-06-06 11:32:03
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
2楼: Originally posted by Alex1 at 2017-06-05 18:02:57

这位虫友是同问？
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事在人为
7楼2017-06-06 11:32:30
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
5楼: Originally posted by 方少贤 at 2017-06-06 11:30:41
总分就是指total score吗？E-value值都是0，另外iden和query cover这两项该怎么分析，有多少参考价值？谢谢！...

E-value是0，iden是100或者99的话，估计就可以确定了~
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···
8楼2017-06-06 14:18:22
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方少贤

铁杆木虫 (小有名气)

迟钝的先知
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小冀- at 2017-06-06 14:18:22
E-value是0，iden是100或者99的话，估计就可以确定了~...

如果ident值不是那么高，该如何分析跟哪个物种更相近呢，怎么结合这几项指标去分析？
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事在人为
9楼2017-06-07 17:06:26
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 方少贤 at 2017-06-07 17:06:26
如果ident值不是那么高，该如何分析跟哪个物种更相近呢，怎么结合这几项指标去分析？...

你看下面这两张图，是对同一条序列进行的blast比对结果，从结果上看，e-value和query-cover都是一样的，evalue为0，query为100，但是他们的score和ident是不一样的，但是比对出来的结果却是一样的，所以看的时候先看evalue，为0或者很小，ident大于97%以上，可以基本确定就是来源于同一个种属的
在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属？-1
捕获.PNG


在ncbi上如何通过blast的结果判断目的基因序列的种属？-2
捕获1.PNG
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···
10楼2017-06-08 14:11:42
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