已熟练掌握Moltemplate、Gaussian、Packmol等工具用于构建复杂分子模型；使用LAMMPS进行分子动力学（MD）模拟；并精通Python，用于大规模数据处理及构建与优化机器学习和深度学习模型。目前...

各位大神们，我想用packmol和amber联用，但是不知道packmol产生的PDB文件如何获取他的拓扑文件和坐标文件，这要怎么办啊，谢谢各位大神

各位大佬帮忙解解惑，就是我用packmol随机将沥青相关分子填充到一个盒子里面，后边我想通过稳定化、碳化以及石墨化来得到碳纤维。但是就初步来说，在nvt系综下弛豫一段时间后，然后用npt系...

在windows下打开packmol出现下面的话，请教大神帮忙“packmol无法将“packmol”项识别为cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写，如果包括路径，请确保路径正确，然后...

我通过packmol构建了含有30个碳酸丙烯酯分子（结构式如图）的box，经过vmd把得到的pdb文件转化为data文件（要在lammps运行）。但是经过vmd的topo转化后的data文件有一个很大的问题就是，其...

我用ms建了一个甲醇模型导出为pdb文件，packmol实现了一个多分子溶液，在namd上生成psf文件时候拓扑文件操作失误，不知道对应的名称如何改？还是要自己生成一个top文件？

十万火急！请问各位大佬，你们粗粒化建模都是什么软件！我用MS建立的粗粒化模型以pdb格式导出...我用packmol建模也不理想！请问大佬们都适用啥软件建模的，我的模型大概是分子刷！求助求助！

（课程尚未完成，持续更新中）（三万字超长文预警）前言1.分子动力学基础1.1原理.1.2势能1.3温度、压强2.linux系统常见命令和操作3.lammps介绍和并行版安装（linux版）4.lammps模拟基本流程...

用CO2pdb结合packmol生成的原子坐标之间的距离，与我所设置的，精度差距太大。而且只能保留三位小数。如何设置精度更高的呢？

我在做fixrigid所以出现如下问题:用别人的data就可以运行但是自己用packmol就无法运行所以我很确定是生成的原子坐标精度不够想问一下，如何弄packmol

学员结合自己的科研方向，选择运行契合自己研究方向的例子第二天下午Lammps的建模14LAMMPS建模——掌握基本操作流程4.1lattice命令语法学习及建模实操4.2packmol建模语法学习及建模实操?...

如题所示，通过packmol构建了双溶剂模型，但是在Amber中尝试了两种方式都无法将甲醇的参数导入，其中一种方法是从Amber自带的溶剂库中导入，另一种方法是自己计算得到的甲醇参数文件...

各位，有Windows系统可以安装的packmol软件吗，跪求一份，谢谢。

packmol一直显示未找到该文件，怎么办？求大侠帮忙

lammps初始模型构建用什么软件除了packmol

使packmol软件建立模拟的盒子时为啥一直没有输出？用的是官网给出的例子，有哪位高手知道，还望指点下

本人分子模拟刚刚开始接触，在网上下载了windows中的packmol的小软件，地址...但是在框输入packmol，没有任何反应，还请各位大神指导，怎么在windows中运行packmol的命令文件。packmol命令截图

小白入门分子模拟，想通过packmol建立氮气环境和水滴的pdb文件，但是需要tip3p水分子模型氮气分子的.pdb文件，请问大神们如何获取，如果需要自己画该用什么软件

overlapininitialconfiguration，我的初始构型已经用packmol建好，不知道这个问题怎么解决，希望各位大神帮忙看一下，我有什么可以做的。附件包括我的力场文件，input文件，初始构型和二聚...

如何在Linux上运行packmol的例子了？这是我在moltemplate上的苯乙烯与苯的packmol例子，最后怎么将其的分子模型在VMD上弄出来？

求助各位大神乙二醇packmol文件的原子坐标在哪找？

各位前辈们，我用packmol生成了一个乙醇立方体盒子（sol.pdb），我想把该溶剂盒子用到amber进行分子动力学模拟，但我不知道在tleap模块该输入什么命令？想把一个小分子放到该溶剂盒子中，...

2.在packmol中堆积分子指定的boxsize为0101xloxhi0101yloyhi0101zlozhi但是在input.data中又写成075xloxhi075yloyhi075zlozhi运行时报错“outofrangeatoms.”，前后不一致出现错误。...

在用cygwin编译packmol时，输入make指令后提示make:/usr/bin/gfortran：命令未找到Makefile:114:recipefortarget'sizes.o'failedmake:*[sizes.o]Error127是什么原因，该如何解决？...

各位大神，我需要在体系中导入规定个数的水分子，尝试用packmol直接加入过水，但跑md时候水会散掉，框不祝现在尝试在tleap下用solvatebox加入水（solovateboxBOXTIP3PBOX~）但是这个命令...