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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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陌雨蔓

新虫 (小有名气)

[求助] 用Towhee软件进行GEMC模拟构建醋酸二聚体刚性分子时无法构建初始构型

各位大神好,小弟在用towhee模拟醋酸的汽液相平衡性质,希望在TraPPE-UA力场基础上构建醋酸二聚体分子(形式见PDB文件),由于二聚体是环状的,希望把环做成类似苯环之类的刚性分子,但是在模拟时总是提示 overlap torsion和MAINLOOP: overlap in initial configuration,我的初始构型已经用packmol建好,不知道这个问题怎么解决,希望各位大神帮忙看一下,我有什么可以做的。附件包括我的力场文件,input文件,初始构型和二聚体的构型pdb文件。希望大家多提建议,在这方面我认识还不够,希望得到大家的建议与帮助。
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陌雨蔓

新虫 (小有名气)

有没有大神帮忙看一下?
2楼2017-10-19 21:24:47
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