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用Towhee软件进行GEMC模拟构建醋酸二聚体刚性分子时无法构建初始构型
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| 各位大神好，小弟在用towhee模拟醋酸的汽液相平衡性质，希望在TraPPE-UA力场基础上构建醋酸二聚体分子（形式见PDB文件），由于二聚体是环状的，希望把环做成类似苯环之类的刚性分子，但是在模拟时总是提示 overlap torsion和MAINLOOP: overlap in initial configuration，我的初始构型已经用packmol建好，不知道这个问题怎么解决，希望各位大神帮忙看一下，我有什么可以做的。附件包括我的力场文件，input文件，初始构型和二聚体的构型pdb文件。希望大家多提建议，在这方面我认识还不够，希望得到大家的建议与帮助。 |
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本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : towhee_ff_TraPPE-UAD
- 附件 2 : towhee_initial
- 附件 3 : dimer.pdb
- 附件 4 : towhee_input
2017-10-15 21:33:06, 13.73 K
2017-10-15 21:33:06, 91.61 K
2017-10-15 21:43:26, 867 bytes
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