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cahndengbin

新虫 (小有名气)

[交流] 关于lammps中data文件格式的问题 已有2人参与

刚开始学lammps,犯了几个错误,在此总结。
1. 关于data文件的格式问题
bonds的数目本来是35178,结果写成35718,运行报错
“Error:Unknown Identifier in data file : 538 5 381 377 380”
一行有5个数据,对应的是Angles数据的错误。
2. 在packmol中堆积分子指定的boxsize为
0  101 xlo xhi
0  101 ylo yhi
0  101 zlo zhi
但是在input.data 中又写成
0 75 xlo xhi
0 75 ylo yhi
0 75 zlo zhi
运行时报错“out of range atoms...”,前后不一致出现错误。

出现错误时的处理方法:
1.首先根据错误信息,定位错误点是在Atoms,Bonds,Angles哪个区块,核对文件开头的原子数目和键数目等信息是否与
列表给出的一致。我个人的情况,一般此类错误与书写的数目出错有关。
2.保证格式正确,时时参看data format的说明文档,哪些字段要写,哪里要空行等等。
http://lammps.sandia.gov/doc/2001/data_format.html
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cahndengbin

新虫 (小有名气)

建议提交任务前一般先试运行一下,确保读取data数据不会有问题。如果直接提交服务器,一般要排队等待,出错后再查效率不高。
2楼2016-12-29 11:19:20
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3楼2017-01-06 09:30:38
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4楼2017-01-06 15:35:04
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