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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 纳米液滴在电场中的行为
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四少爷灬

新虫 (初入文坛)

[求助] 纳米液滴在电场中的行为 已有1人参与

小白入门分子模拟，想通过packmol建立氮气环境和水滴的pdb文件，但是需要tip3p水分子模型氮气分子的.pdb文件，请问大神们如何获取，如果需要自己画该用什么软件

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1楼 2017-12-04 17:27:00
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zx108s221

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
http://www.orsi.sems.qmul.ac.uk/downloads.html
这个网站有水相关的data文件 你可以提取其中的坐标用来写pdb文件
氮气这么简单的双原子气体 你自己根据键长写一个不就行了
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I'maslowlywalker,butIneverwalkback.
2楼2017-12-05 09:15:13
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四少爷灬

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zx108s221 at 2017-12-05 09:15:13
http://www.orsi.sems.qmul.ac.uk/downloads.html
这个网站有水相关的data文件 你可以提取其中的坐标用来写pdb文件
氮气这么简单的双原子气体 你自己根据键长写一个不就行了

不是化学专业的 入门有点难 劳烦大神 氮气的模型和力场该怎么选呢

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3楼2017-12-05 18:55:57
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zx108s221

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

内容已删除
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I'maslowlywalker,butIneverwalkback.
4楼2017-12-06 15:49:38
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