分子动力学模拟（NVT系综，控温300K）#10.1初始速度与约束thermo100#每1000步输出热力学数据thermo_stylecustomsteptemppekepressvoldensity#输出步长、温度、势能、动能、压力、体积、密度...

张芬奶茶和水果茶茉莉花茶基底茶品质特征及差异分析食品科技.20252025...

问题1:构建ac盒子时，密度应设低（0.6），还是正常（1）问题二:AC盒子建后，是否进行结构优化，和（nvt，npt）动力学，然后再运行交联脚本问题三:我仅仅只跑了10轮退火，50ps两种动力学，...

我做了蛋白7nfb和槲皮素的分子动力学模拟，nvt、npt都平?了200ps，最后运行了50ns，中途电脑断了一次电，我后面用命令接着跑，但后面跑出来的图总是存在问题，（由于图片上传不上来，我用...

随后模拟先采用NVT弛豫300ps，随后NPT模拟700ps。文献中提到（J.Chem.Phys.125,034503(2006)）TIP4P/2005模型的水分子临界参数（640K，14.6MPa）和实际水分子（647.1K，22.06MPa）的有差异...

并用layer将其组合在一起真空度为20，对结构优化后的layer进行模拟，Task为Dynamics，力场为comoass2，时间步长为1.0fs，模拟条件为NVT，300ps，模拟结束后，水分子不向盒子外扩散，而是煤...

我的想法是，采用reaxff力场，先采用nvt与npt结合的方法对系统进行弛豫，然后再使用npt进行升温模拟请问这种想法是否可行、是否能模拟出它这个相变过程，如有问题请各位老师指出，此外通过...

麻烦请问一下，我想建立一个密度是1的溶液盒子，建立好之后我进行了forcite的nvt分子动力学，再进行npt退火之后发现密度降低很多只有0.6多。我是什么步骤出问题了么。谢谢回答。smutao

p}/NVT.outelementCNOHcutoff330.5fix4allreaxff/bonds200${r_p}/bonds_nvt.txtdump1allxyz200${r_p}/NVT.lammpstrjdump_modify1elementCNOHrun200000unfix2unfix3unfix4undump1reset_...

在线等谢谢余东海用密度泛函活性理论中的信息论方法研究芳香性湖南师范大学学位论文20192019...uniplatform=NZKPT&language=CHShttps:/kns.cnki....

其中一种做法是使用nvt系宗做分子动力学模拟，不断改变结构沿z轴向的晶格常数，抽取相应的结构压力，并建立结构体积-压力的曲线关系，进而得到某个确定压力下的体统体积。另一种做法，是...

跟着Gromacs官网教程和官网文件运行的任务，前面都没问题，到NVT平?时却出现错误，在网上搜了好多也不明白到底怎样解决这个问题

各位老师，请教大家，我用MS软件建了一个酰胺类溶液，用pppm静电力算法在NVT系综下运行，轨迹文件中观察到模型中的原子整体平移，而不是平?振动，导致MSD曲线的数值能达到几十万，扩散系...

利用VASP计算AIMD，采用NVT系综，时间步长为0.001fs。在3*3*3的Li2CO3超晶胞中，用T原取代一个Li原子，给T原子设定128A/fs的速度，在AIMD跑的过程中，程序一直正常运行，但输出的温度为0K...

但是就初步来说，在nvt系综下弛豫一段时间后，然后用npt系综进行加热压缩，模型密度不是预想中的慢慢增大，而是迅速下降。按道理来说，我的沥青模型密度会逐渐增大并且趋于稳定，随后我在此...

stylecustomtimeatomssteptemppressvollxlylzenthalpypekeetotaldensityevdwlecoulepairebondpxxpyypzzpxypxzpyzthermo200fixNVTallnvttemp270270100dump1allxyz200nvt.xyzdump_modify1...

所以我打算复现他们的做法我先是用amorphous模块建立了2.6g/cm3的含有64个碳原子的盒子，然后用forcite的dynamics功能在Universal力场下把每个碳原子力场设置为C电荷设置为0，通过NVT系综...

最小化后，在NVT体系中模拟时结构缺失不完整'https://pan.baidu.com/s/15b0UY96o7OURfFPq9G4SPA?pwd=9vzy'

我是模拟的纳米带的导热，先最小化，然后对整体npt控温控压，接着固定两侧边界，然后对hotcold中间的传热区用nve，hot和cold区域设置为nose热浴，用的nvt，结果这个热浴一加上，温度就乱跳...

蛋白和配体的复合体系中，在控温NVT步骤中报错Thetotalpotentialenergyis-nan,whichisnotfinite.TheLJanoelectrostaticcontributionstotheenergyare0and-715005,respectively.Anon-...

}my$results=Modules-Forcite-Dynamics-Run($doc,Settings("3DPeriodicvdWAtomCubicSplineWidth"=3,"3DPeriodicNonBond2BodyListBufferWidth"=1,CurrentForcefield="pcff",Ensemble3D="NVT...

用了nvt控温不知道为什么温度一直下降控不住

oISIF：在分子动力学计算中，此标签用于选择NVT系综或NpT系综（NVE系综是一个特例！对于ISIF=2，体积保持不变并使用NVT系综。使用此标签可以计算应力张量，因此可以监控压力。对于ISIF=3，...

分子动力学简介（gromacs软件）1.1分子动力学基本原理1.2linux系统介绍1.3分子动力学软件介绍（gromacs）2.gromacs进行分子动力学模拟2.1配体分子的处理2.2蛋白结构的处理2.3修改蛋白坐标...

请问各位前辈，本人最近采用混合能...用forcite进行NPT，NVT进行模拟3.用CohesiveEnergyDensity，计算内聚能密度，借助公式如图请问这种混合体系的建立，如何进行？2E6Q_4ESRFUPWJQ8T59G0.png