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求助?DLC非晶碳建模问题
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非晶碳做直接建模得到的结果和实际情况相差较大，我查询领域内的文献看他们的方法是建立一个包含着指定密度的随机分布着64个碳原子的盒子，然后使用forcite模块的分子动力学先升到5000k或8000k保持0.5ps然后降温到273k保持0.5ps来得到的非晶碳模型。所以我打算复现他们的做法 我先是用amorphous模块建立了2.6g/cm3的含有64个碳原子的盒子，然后用forcite的dynamics功能在Universal力场下把每个碳原子力场设置为C电荷设置为0，通过NVT系综nose调温到5000k 0.5ps 在降温到273k 0.5ps最终得到需要的模型。但让我感到困惑的是碳原子之间并没有新的键的形成，所以我用了build bonds，照着查询到的c c键长进行生成，结果产生了很难看的有五个键的碳原子和在中间缺不和其他碳原子链接的模型，请问各位大佬这是为什么，我该怎样才能做出文章里连贯一体的模型，还是说这不可避免，我只能手动优化 发自小木虫Android客户端 |
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