应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用lammps计算吸附时遇到bond missing
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
21/1返回列表
查看: 875  |  回复: 1
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者Yuki——12345将赠送您 15 个金币

Yuki——12345

铁虫 (初入文坛)

[求助] 用lammps计算吸附时遇到bond missing

请问一下，我在模拟异辛酸和Cu时，为什么我计算出来的结果，要么bond missing（调小时间步长的时候，温度突然提升），要么cannot compute PPPM?（调大时间步长）
in 文件：
# # 1. 初始化与单位设置（固定为metal）
units           metal
dimension       3
boundary        p p f  # x/y周期，z非周期（适配Cu表面吸附）
atom_style      full  # 需包含键/角/二面角/电荷，匹配文档2
neighbor          3.0 bin       # 邻居列表截断3Å，bin算法高效
neigh_modify delay 0 every 1 check yes

# 2. 势函数类型设置（匹配文档2的拓扑结构）
special_bonds lj 0.0 0.0 0.5 coul 0.0 0.0 0.5  # 明确LJ和库仑的排除系数，符合有机分子规则
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style hybrid fourier opls
# 3. 混合势函数（Cu用EAM，异辛酸用LJ/库仑）
pair_style         hybrid lj/cut/coul/long 12.0 eam  # 12Å截断长程库仑+EAM金属势
pair_modify        mix geometric  # 金属-有机交叉参数用几何平均，更合理
# 4. 体系盒子与原子生成（严格匹配文档2拓扑）
# 定义总模拟盒（z方向预留Cu基底+异辛酸空间）
region              total_box block -10.000 30 -10.000 30 -10.000 50.000 units box
create_box          9 total_box  bond/types 6 angle/types 13 dihedral/types 11   improper/types 0 extra/bond/per/atom 10   extra/angle/per/atom 10 extra/dihedral/per/atom 20 extra/improper/per/atom 0
# 读入文档2的异辛酸data文件（替换为你的实际文件路径）
read_data         UNKm2.data add 0 0  # add 0 0 0：不额外偏移（后续手动调整位置）
# 5. 体系分组与位置调整（避免初始碰撞）
# 验证总电荷：-0.6-0.6+0.4+0.1 = -0.7？需调整至-1e，确保平衡
group            acid_group type 1 2 3 4 5 6 7 8
displace_atoms   acid_group move 13.000 13.000 20 units box  # x/y居中，z方向偏移20Å（原位置+20→25Å）
# 6. Cu(111)基底构建（metal单位适配）
mass            9 63.546  # Cu原子量（amu，符合metal单位）
lattice         fcc 3.615 orient x 1 -1 0 orient y 1 1 -2 orient z 1 1 1  # Cu(111)晶格常数3.615Å（标准值）
region          cu_region block  0 30 0 30 0 10 units box  # Cu在z=0-10Å（3层左右）
create_atoms    9 region cu_region  # 生成27号Cu原子
group           cu_group type 9  # Cu原子分组
# 7. 相互作用参数（文档2转换后，完全适配metal单位）
# C-C相关（类型1-4）
pair_coeff 1 1 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型1-1（C-C）
pair_coeff 1 2 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型1-2（C-C）
pair_coeff 1 3 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型1-3（C-C）
pair_coeff 1 4 lj/cut/coul/long 0.003615   3.625   # 类型1-4（C-C）
pair_coeff 2 2 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型2-2（C-C）
pair_coeff 2 3 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型2-3（C-C）
pair_coeff 2 4 lj/cut/coul/long 0.003615   3.625   # 类型2-4（C-C）
pair_coeff 3 3 lj/cut/coul/long 0.002862   3.500   # 类型3-3（C-C）
pair_coeff 3 4 lj/cut/coul/long 0.003615   3.625   # 类型3-4（C-C）
pair_coeff 4 4 lj/cut/coul/long 0.004553   3.750   # 类型4-4（C-C）

# C-O相关（C=1-4；O=5-6）
pair_coeff 1 5 lj/cut/coul/long 0.004617   3.250   # 类型1-5（C-O）
pair_coeff 1 6 lj/cut/coul/long 0.005116   3.230   # 类型1-6（C-O）
pair_coeff 2 5 lj/cut/coul/long 0.004617   3.250   # 类型2-5（C-O）
pair_coeff 2 6 lj/cut/coul/long 0.005116   3.230   # 类型2-6（C-O）
pair_coeff 3 5 lj/cut/coul/long 0.004617   3.250   # 类型3-5（C-O）
pair_coeff 3 6 lj/cut/coul/long 0.005116   3.230   # 类型3-6（C-O）
pair_coeff 4 5 lj/cut/coul/long 0.005822   3.375   # 类型4-5（C-O）
pair_coeff 4 6 lj/cut/coul/long 0.006487   3.355   # 类型4-6（C-O）

# O-O相关（类型5-6）
pair_coeff 5 5 lj/cut/coul/long 0.007372   3.000   # 类型5-5（O-O）
pair_coeff 5 6 lj/cut/coul/long 0.008200   2.980   # 类型5-6（O-O）
pair_coeff 6 6 lj/cut/coul/long 0.009106   2.960   # 类型6-6（O-O）

# C-H相关（C=1-4；H=7-8）
pair_coeff 1 7 lj/cut/coul/long 0.002000   3.000   # 类型1-7（C-H）
pair_coeff 2 7 lj/cut/coul/long 0.002000   3.000   # 类型2-7（C-H）
pair_coeff 2 8 lj/cut/coul/long 0.000000   1.750   # 类型2-8（C-H）
pair_coeff 3 7 lj/cut/coul/long 0.002000   3.000   # 类型3-7（C-H）
pair_coeff 3 8 lj/cut/coul/long 0.000000   1.750   # 类型3-8（C-H）
pair_coeff 4 7 lj/cut/coul/long 0.002433   3.125   # 类型4-7（C-H）
pair_coeff 4 8 lj/cut/coul/long 0.000000   1.875   # 类型4-8（C-H）

# O-H相关（O=5-6；H=7-8）
pair_coeff 5 7 lj/cut/coul/long 0.003085   2.750   # 类型5-7（O-H）
pair_coeff 6 7 lj/cut/coul/long 0.003456   2.730   # 类型6-7（O-H）
pair_coeff 6 8 lj/cut/coul/long 0.000000   1.480   # 类型6-8（O-H）
pair_coeff 8 8 lj/cut/coul/long 0.001301  2.500  # 与类型7-7一致，避免无排斥力
# 修正C-H（类型1-8）：ε=0.002000，σ=2.425（几何平均C和H的σ）
pair_coeff 1 8 lj/cut/coul/long 0.002000  2.425
# 修正O-H（类型5-8）：ε=0.003085，σ=2.125（而非1.500）
pair_coeff 5 8 lj/cut/coul/long 0.003085  2.125
# H-H相关（类型7-8）
pair_coeff 7 7 lj/cut/coul/long 0.001301   2.500   # 类型7-7（H-H）
pair_coeff 7 8 lj/cut/coul/long 0.000000   1.250   # 类型7-8（H-H）
pair_coeff 8 8 lj/cut/coul/long 0.000000  0.000  
pair_coeff 1 9 lj/cut/coul/long 0.021862  2.905  # C_aliphatic-Cu
pair_coeff 2 9 lj/cut/coul/long 0.021862 2.905  # C_aliphatic-Cu  
pair_coeff 3 9 lj/cut/coul/long 0.021862 2.905  # C_aliphatic-Cu
pair_coeff 4 9 lj/cut/coul/long 0.275745 3.030  # C_carboxyl-Cu
pair_coeff 5 9 lj/cut/coul/long 0.027837 2.665  # O_carbonyl-Cu
pair_coeff 6 9 lj/cut/coul/long 0.038996 2.635  # O_hydroxyl-Cu
pair_coeff 7 9 lj/cut/coul/long 0.022420 2.405  # H_aliphatic-Cu
pair_coeff 8 9 lj/cut/coul/long 0.000000 1.155  # H_hydroxyl-Cu
# -------------------------- 异辛酸与Cu的相互作用（核心修正：Cu类型从2→9） --------------------------

pair_coeff 9 9 eam Cu_u6.eam   
# 8. 长程库仑作用（metal单位适配，精度1e-6）
kspace_style pppm 1e-4  # PPPM算法，能量精度1e-6
kspace_modify slab nozforce
min_style       cg  # 共轭梯度算法（适合能量最小化）
minimize        1e-6 1e-8 1000 10000    # 第一步：快速消除大应力（收敛判据1e-6/1e-8）
minimize        1e-8 1e-10 5000 50000   # 第二步：中等收敛（判据1e-8/1e-10）
minimize        1e-15 1e-15 100000 1000000  # 第三步：高精度收敛（判据1e-10/1e-12）
# 10. 分子动力学模拟（NVT系综，控温300K）
# 10.1 初始速度与约束
thermo          100  # 每1000步输出热力学数据
thermo_style    custom step temp pe ke press vol density  # 输出步长、温度、势能、动能、压力、体积、密度
dump            1 all atom 10 traj_adsorb1.lammpstrj  # 每100步输出轨迹（可视化用）
dump            find_out_of_bounds all atom 10 out_of_bounds.lammpstrj  # 监控原子逸出
fix             10 cu_group setforce  0 0 0
fix             2 all nve/limit 0.05
run             50000
unfix           2
fix             4 all nvt temp 100 300 10  # 第二阶段：100-300K波动（增强采样）
timestep        0.001 #（metal单位：1 timestep=1 fs）
run             1000000  # 第二阶段：200万步（1ns）run 2000000  # 第二阶段：200万步（1ns）

data文件
# LAMMPS Atom File (metal units) - Converted from AuToFF OPLS file
# 转换说明：1 kcal/mol = 0.043364435 eV（力常数/能量参数统一乘此系数）

    26 atoms
    25 bonds
    46 angles
    62 dihedrals
     0 impropers

     8 atom types
     6 bond types
    13 angle types
    11 dihedral types
     0 improper types

     -12.00000    32.00000  xlo xhi  # Å（metal单位与OPLS一致，直接保留）
    -12.00000    32.00000  ylo yhi
    -10.00000    50.00000  zlo zhi

Masses  # amu（两种单位一致，直接保留）

1      12.0110  # oplsm_135
2      12.0110  # oplsm_136
3      12.0110  # oplsm_274
4      12.0110  # oplsm_267
5      15.9994  # oplsm_268
6      15.9994  # oplsm_269
7       1.0080  # oplsm_140
8       1.0080  # oplsm_270

Bond Coeffs  # harmonic（k：kcal/mol·Å²→eV/Ų；r0：Å不变）

1       11.6216      1.530000  # 268.000000×0.043364435
2       19.5140      1.360000  # 450.000000×0.043364435
3       24.8304      1.230000  # 570.000000×0.043364435
4       14.7660      1.090000  # 340.000000×0.043364435
5       24.0045      0.950000  # 553.000000×0.043364435
6       104.6940      1.521819  # 2390.057361×0.043364435

Angle Coeffs  # harmonic（k：kcal/mol·rad²→eV/rad²；θ0：度不变）

1        1.6262      110.700000  # 37.500000×0.043364435
2        1.4310      107.800000  # 32.999522×0.043364435
3        2.5305      112.700000  # 58.350860×0.043364435
4        3.4692      121.000000  # 80.000000×0.043364435
5        1.5177      113.000000  # 35.000000×0.043364435
6       10.4683      110.730259  # 239.005736×0.043364435
7       10.4683      112.973118  # 239.005736×0.043364435
8       10.4683      115.128063  # 239.005736×0.043364435
9       10.4683      110.480160  # 239.005736×0.043364435
10      10.4683      110.054924  # 239.005736×0.043364435
11      10.4683      106.758589  # 239.005736×0.043364435
12      10.4683      113.088339  # 239.005736×0.043364435
13      10.4683      124.892120  # 239.005736×0.043364435

Dihedral Coeffs  # hybrid（所有系数：kcal/mol→eV）

1   opls      -0.000010      0.000000      0.012999      0.000000  # 原系数×0.043364435
2   opls       0.056479     -0.008675      0.008675      0.000000
3   opls      -0.000005      0.000000     -0.009768      0.000000
4   opls       0.065047      0.238504      0.000000      0.000000
5   opls       0.000000      0.238504      0.000000      0.000000
6   fourier    1      0.000000   1    1.5933  # 36.7312×0.043364435
7   fourier    1      0.000000   1   -6.2634  # -144.4374×0.043364435
8   fourier    1      0.000000   1    6.5850  # 151.6206×0.043364435
9   fourier    1      0.000000   1   -3.4765  # -80.1437×0.043364435
10  fourier    1      0.000000   1   -1.2813  # -29.5480×0.043364435
11  fourier    1      0.000000   1    4.2806  # 98.6878×0.043364435

Atoms  # 坐标：Å（不变）；电荷：电子电荷（不变）
#  atom  mol    type   charge         X           Y           Z
     1     1     1     -0.180000      0.925400     -0.258900      0.369800
     2     1     2     -0.120000      2.441600     -0.138400      0.287900
     3     1     2     -0.120000      2.941000     -0.519300     -1.108800
     4     1     2     -0.120000      4.465500     -0.420600     -1.234700
     5     1     3     -0.220000      4.982300     -0.822400     -2.634300
     6     1     2     -0.120000      4.417200      0.005000     -3.801700
     7     1     1     -0.180000      4.739700      1.495200     -3.759000
     8     1     4      0.520000      6.503600     -0.799700     -2.666900
     9     1     5     -0.530000      7.028800     -1.670200     -3.562100
    10     1     6     -0.440000      7.204300     -0.070700     -1.987700
    11     1     7      0.060000      0.569500      0.044700      1.358900
    12     1     7      0.060000      0.606100     -1.291700      0.195600
    13     1     7      0.060000      0.440200      0.379100     -0.376100
    14     1     7      0.060000      2.732800      0.892700      0.518600
    15     1     7      0.060000      2.898700     -0.784900      1.044100
    16     1     7      0.060000      2.462100      0.144600     -1.834200
    17     1     7      0.060000      2.623200     -1.542300     -1.341900
    18     1     7      0.060000      4.927100     -1.080600     -0.488000
    19     1     7      0.060000      4.794100      0.592700     -0.976400
    20     1     7      0.060000      4.677400     -1.869100     -2.782400
    21     1     7      0.060000      3.329200     -0.119300     -3.840800
    22     1     7      0.060000      4.793100     -0.395500     -4.751700
    23     1     7      0.060000      4.672800      1.914900     -2.753000
    24     1     7      0.060000      4.036700      2.044500     -4.393300
    25     1     7      0.060000      5.746300      1.684300     -4.144100
    26     1     8      0.450000      6.364300     -2.192100     -4.051500

Bonds  # 拓扑结构不变（原子索引、键类型索引保留原始）
#     NO.    Type  atom_i  atom_j
       1       1       2       3
       2       1       3       4
       3       1       4       5
       4       1       5       6
       5       1       6       7
       6       1       2       1
       7       2       8       9
       8       3       8      10
       9       4       1      11
      10       4       1      12
      11       4       1      13
      12       4       2      14
      13       4       2      15
      14       4       3      16
      15       4       3      17
      16       4       4      18
      17       4       4      19
      18       4       5      20
      19       4       6      21
      20       4       6      22
      21       4       7      23
      22       4       7      24
      23       4       7      25
      24       5       9      26
      25       6       5       8

Angles  # 拓扑结构不变
#     NO.    Type  atom_i  atom_j  atom_k
       1       1       2       1      11
       2       1       2       1      12
       3       1       2       1      13
       4       2      11       1      12
       5       2      11       1      13
       6       2      12       1      13
       7       1       3       2      14
       8       1       3       2      15
       9       1       1       2      14
      10       1       1       2      15
      11       2      14       2      15
      12       3       2       3       4
      13       1       2       3      16
      14       1       2       3      17
      15       1       4       3      16
      16       1       4       3      17
      17       2      16       3      17
      18       1       3       4      18
      19       1       3       4      19
      20       1       5       4      18
      21       1       5       4      19
      22       2      18       4      19
      23       1       4       5      20
      24       1       6       5      20
      25       3       5       6       7
      26       1       5       6      21
      27       1       5       6      22
      28       1       7       6      21
      29       1       7       6      22
      30       2      21       6      22
      31       1       6       7      23
      32       1       6       7      24
      33       1       6       7      25
      34       2      23       7      24
      35       2      23       7      25
      36       2      24       7      25
      37       4       9       8      10
      38       5       8       9      26
      39       6       1       2       3
      40       7       3       4       5
      41       8       4       5       6
      42       9       4       5       8
      43      10       6       5       8
      44      11       8       5      20
      45      12       5       8       9
      46      13       5       8      10

Dihedrals  # 拓扑结构不变
#     NO.    Type  atom_i  atom_j  atom_k  atom_l
       1       1      11       1       2       3
       2       1      12       1       2       3
       3       1      13       1       2       3
       4       1      14       2       3       4
       5       1      14       2       1      11
       6       1      14       2       1      12
       7       1      14       2       1      13
       8       1      15       2       3       4
       9       1      15       2       1      11
      10       1      15       2       1      12
      11       1      15       2       1      13
      12       2       4       3       2       1
      13       2      16       3       2       1
      14       1      16       3       2      14
      15       1      16       3       2      15
      16       2      16       3       4       5
      17       2      17       3       2       1
      18       1      17       3       2      14
      19       1      17       3       2      15
      20       2      17       3       4       5
      21       2       5       4       3       2
      22       1      18       4       3       2
      23       1      18       4       3      16
      24       1      18       4       3      17
      25       3      18       4       5       6
      26       3      18       4       5       8
      27       1      19       4       3       2
      28       1      19       4       3      16
      29       1      19       4       3      17
      30       3      19       4       5       6
      31       3      19       4       5       8
      32       3       6       5       4       3
      33       3       8       5       4       3
      34       3       8       5       6       7
      35       1      20       5       4       3
      36       1      20       5       4      18
      37       1      20       5       4      19
      38       1      20       5       6       7
      39       3       7       6       5       4
      40       3      21       6       5       4
      41       3      21       6       5       8
      42       1      21       6       5      20
      43       3      22       6       5       4
      44       3      22       6       5       8
      45       1      22       6       5      20
      46       1      23       7       6       5
      47       1      23       7       6      21
      48       1      23       7       6      22
      49       1      24       7       6       5
      50       1      24       7       6      21
      51       1      24       7       6      22
      52       1      25       7       6       5
      53       1      25       7       6      21
      54       1      25       7       6      22
      55       4      26       9       8       5
      56       5      26       9       8      10
      57       6      20       5       8       9
      58       7      20       5       8      10
      59       8       9       8       5       4
      60       9       9       8       5       6
      61      10      10       8       5       4
      62      11      10       8       5       6
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2025-11-14 10:24:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

HER12025

铁虫 (小有名气)
同学，需要代算吗？
赞一下 回复此楼
2楼2026-01-05 16:39:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Yuki——12345 的主题更新
21/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 第一志愿东南大学物理313，有科研竞赛获奖经历，希望物理复试调剂 +3 马内橙 2026-04-05 3/150 2026-04-06 10:32 by 蓝云思雨
[考研] 华南理工0703化学，总分336求调剂 +6 手机用户 2026-04-03 6/300 2026-04-06 09:50 by cql1109
[考研] 295求调剂 +11 xndjjj 2026-04-04 11/550 2026-04-06 09:44 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿 江南大学 085602 化工专硕 338分求调剂 +15 路痴小琪 2026-04-05 15/750 2026-04-06 09:27 by cql1109
[考研] 材料调剂 +14 壹贰贰亿 2026-04-04 14/700 2026-04-05 23:31 by 来看流星雨10
[硕博家园] 0856材料化工求调剂，一志愿211，初试成绩349 +3 江淮北月 2026-04-05 3/150 2026-04-05 20:31 by 啵啵啵0119
[考研] 材料调剂 +6 一样YWY 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:30 by 南航~万老师
[考研] 考研生物与医药调剂 +8 铁憨憨123425 2026-03-31 8/400 2026-04-05 20:28 by lys0704
[考研] 调剂 +5 好好读书。 2026-04-01 5/250 2026-04-05 17:54 by liucky
[考研] 306分材料与化工求调剂 +7 黎吧啦啦你很有� 2026-04-03 7/350 2026-04-05 17:18 by Hdyxbekcb
[考研] 一志愿南航，数一英一学硕317求调剂！！ +5 Acaciad 2026-04-04 5/250 2026-04-05 12:31 by 搏击518
[考研] 一志愿西北农林畜牧专硕336分求调剂 +3 5ourr 2026-04-03 3/150 2026-04-05 10:40 by JOKER0401
[考研] 283求调剂 +10 A child 2026-04-04 10/500 2026-04-05 08:22 by qlm5820
[考博] 申博 +7 IQwQl 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:32 by mumin1990
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 0703求调剂 +6 zizimo 2026-03-31 6/300 2026-04-04 14:16 by 无际的草原
[考研] 考研求调剂 +3 木心想继续深造 2026-04-03 3/150 2026-04-03 21:56 by 啵啵啵0119
[考研] 五邑大学土木工程招调剂生2026 +3 wyutj 2026-03-31 4/200 2026-04-03 18:21 by zengxj_7201
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 复试调剂 +3 bvzz 2026-04-01 3/150 2026-04-03 09:47 by 蓝云思雨
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭