2.也尝试使用了charmm-gui自带的聚合物构建模块，建立聚合度10的PE和PET塑料，在构建磷脂双分子层中报错，报错内容如下：sdf/mol2文件与原PDB文件的配体重原子顺序不匹配。请查看此链接以...

报错的一个删掉后，后面的还会一直报错。不知道是哪里出现了问题FATALERROR:UNKNOWNPARAMETERINCHARMMPARAMETERFILE/home/fattyacid/coil/toppar_all36_moreions.strLINE=*setnat?...

KaishengSong;SilvanK?ser;KaiT?pfer;LuisItzaVazquez-Salazar;MarkusMeuwlyPhysNetmeetsCHARMM:Aframeworkforroutinemachinelearning/molecularmechanicssimulationsJ.Chem....024125(2023)...

常用的分子动力学模拟软件有AMBER、GROMACS、LAMMPS、NAMD、CHARMM等天体物理模拟：天体物理模拟是一种模拟太阳系和星系等天体物理系统的方法。这种模拟通常用于天文学领域，例如研究星系的...

常用的分子动力学模拟软件有AMBER、GROMACS、LAMMPS、NAMD、CHARMM等天体物理模拟：天体物理模拟是一种模拟太阳系和星系等天体物理系统的方法。这种模拟通常用于天文学领域，例如研究星系的...

Traceback(mostrecentcalllast):File"cgenff_charmm2gmx.py",line50,in用的是1.1.1版本，Python是3.8处理好久了，不知道怎么解决已经安装了numpy#gromacsubuntu:~pipinstallnumpy。...

（课程尚未完成，持续更新中）（三万字超长文预警）前言1.分子动力学基础1.1原理.1.2势能1.3温度、压强2.linux系统常见命令和操作3.lammps介绍和并行版安装（linux版）4.lammps模拟基本流程...

通过charmm-gui建立干马提尼囊泡模型，在电脑上进行模拟感觉没有进度，一直显示50000step，2000ps但是一下午都没有跑完，模拟文件也没有被修改是怎么回事呢？

基本要求:熟练分子动力学方法(比如Amber,Charmm)或分子力学-量子力学组合方法(Chemshell,Cp2k)的至少一种模拟方法。博士后基本待遇:厦门大学提供底薪20万人民币(课题组会根据个人表现最高...

lj_charmm_coul_charmm_intel.cppdoesnotexistsrc/pair_rebo_intel.cppdoesnotexistsrc/pair_sw_intel.cppdoesnotexistsrc/pair_tersoff_intel.cppdoesnotexistsrc/angle_charmm_intel....

下面是我的凝结成为液滴部分in文件#infileforwatermoleculeSPC/Emodelechoscreenunitsrealatom_stylefullboundarypppbond_styleharmonicangle_styleharmonicpair_stylelj/charmm/coul/long9...

用charmm力场，如何获取力场文件包或者查看力场最新版本

大家好我计划做一个NMADFEP/lambda-REMD计算两个小分子配体对一个蛋白靶点的结合自由能差异（relativebindingaffinitybyfreeenergypertubation），脚本文件均有CHARMM-GUIinputgenerator...

大家好！请问g_mmpbsa计算非极性物质，如聚丙烯（PP）在CHARMM力场下，所有原子都没有电荷，溶剂化能的一项值为NAN，应该如何处理。谢谢

charmm_gui官网好卡，视频都看不了，有没有其他方法可以快点看的？

而且在计算模拟的时候，我们用NAMD的charmm软件，这个介电常数在力场文件里面怎样设置呢？请好心的知道的大神们快快告诉我吧，我急用，找了好多文献都找不到头绪。谢谢！

b，至少熟练掌握一个经典分子动力学计算软件，如gromacs，namd，charmm等c，以第一作者发表过中科院sci二区以上文章2篇以上。d，会python，c，或者fortran编程优先考虑：e，有机半导体模拟...

请问有用过namd的极化swm4模型的吗，这个水模型的psf文件只能用charmm生成，请问谁知道怎么生成呀

Charmm,Amber和Gromos本身既是软件名字也是力场名字，这里面的力场很多都是适用于生物大分子的，所以这些软件多用于生物大分子。但是NAMD和Gromacs理论上可以导入任何力场，为啥也主要用于...

求charmm力场TIP3P.gro

有没有刚接触计算化学的小伙伴，一起讨论一下的？

大家好，我用charmm-gui按步骤构建了一个双层膜系统，为什么生成的pdb中没有盒子大小呢？并且用膜跑em的时候十几步就停了？接下来的run出现了段错误。请问大家，建模的过程中到底是哪里出现...

可能有时候大家会觉得有机物的data结构文件搭建比较费时，所以会用一些软件进行从pdb到data的自动转换。但是，MS也好，其他软件也好，总有找不到信息的时候，因为ff数据库不可能涵盖所有...

刚学gromacs的小白一枚，想问一下CHARMM力场适用的溶剂和离子有哪些呀？或者有介绍这方面的文献吗？求大神告知，谢谢谢谢！

2018年11月25日北京“LAMMPS分子动力学模拟技术与应用”第一天上午LAMMPS基础课程1分子模拟理论第一天下午LAMMPSS入门操作的Linux基础命令课程2LAMMPS操作基础课程3LAMMPS建模第二天上午...