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沈铖澄

新虫 (初入文坛)

[求助] charmm-gui建立塑料聚合物和DPPC磷脂双分子层的问题,求大佬们帮助

计算模拟新人,想将微塑料(聚合度为10的聚乙烯和聚合度为10的PET塑料)和DPPC磷脂双分子层进行模拟。使用过程有如下一些问题:1.使用Materials Studio构建聚合度为10的塑料后,上传至ATB下载全原子PDB和TOP文件,但是无法上传至charmm-gui,会报错。2.也尝试使用了charmm-gui自带的聚合物构建模块,建立聚合度10的PE和PET塑料,在构建磷脂双分子层中报错,报错内容如下:sdf/mol2文件与原PDB文件的配体重原子顺序不匹配。请查看此链接以了解CHARMM-GUI中配体读取的潜在问题。
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