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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 理论与计算方法 » charmm-gui建立塑料聚合物和DPPC磷脂双分子层的问题，求大佬们帮助
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沈铖澄

新虫 (初入文坛)

[求助] charmm-gui建立塑料聚合物和DPPC磷脂双分子层的问题，求大佬们帮助

计算模拟新人，想将微塑料（聚合度为10的聚乙烯和聚合度为10的PET塑料）和DPPC磷脂双分子层进行模拟。使用过程有如下一些问题：1.使用Materials Studio构建聚合度为10的塑料后，上传至ATB下载全原子PDB和TOP文件，但是无法上传至charmm-gui，会报错。2.也尝试使用了charmm-gui自带的聚合物构建模块，建立聚合度10的PE和PET塑料，在构建磷脂双分子层中报错，报错内容如下：sdf/mol2文件与原PDB文件的配体重原子顺序不匹配。请查看此链接以了解CHARMM-GUI中配体读取的潜在问题。
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1楼 2024-07-09 17:30:51
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