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NAMD/lambda-REMD segmentation fault/ Desmond ligand mutation fep
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大家好 我计划做一个NMAD FEP/ lambda-REMD 计算两个小分子配体对一个蛋白靶点的结合自由能差异 （relative binding affinity by free energy pertubation）， 脚本文件均有CHARMM-GUI input generator 产生。 一共有5个脚本，其中1，2 非常简单，第三个为关键运行脚本如下图附件，其中已经列出我所使用的cluster node 的配置信息，以及namd 的运行代码，namd2 equ_$system.namd >...一行已经运行完毕，没有问题。（实际运行时，加了+p32， 以使得namd/2.13-multicore 使用32个cpu 进行32 threads 的计算）。 问题出在后面的 namd2 + replicas 32... 环节， 错误提示是segmentation fault, 通常的解释是首先怀疑磁盘空间不够用，已经尝试将PBS -l mem=16gb, 增加至 —PBS -l mem=32gb, 仍然出现同样的报错。同样也已经尝试 ulimit -s unlimited, 无效。 为了做trouble shotting, 我没有一次提交附件1的pbs 文件至我所使用的cluster， 也就是没有使用batch 模式，而是使用interactive job模式，即首先申请#PBS -l 所要求的资源，分配我node 后, 手动load 所需运行环境：module load intel/18.0.1.163 module load openmpi/3.1.2-intel module load namd/2-13-multicore (or namd/2-13-mpi ???) 现在已知代码namd2 equ_$system... 一行运行无错误, 因为手动单独运行该行命令(实际运行时加了 +p32, 因为申请了32 块CPU)，几小时后可成功得到结果 equ_site.out (namd/2.13-multicore) 好像无法单独运行 namd2 +replicas ... , 因为互相迭代关系的存在？我尝试单独运行第一行 replicas 即变量为0时 提示restart number wrong。 为了一起运行后面有问题的 namd2 +replicas ,,,, 我删除了没问题的 equ_$system 行， 剩下的部分单独做了一个附件2的脚本。 然后使用命令“csh 附件2.csh” 提交该csh 脚本(node 默认语言环境为bash，而charm-gui 生成脚本为csh)，然后就会出现上面提到的segmentation fault. 而是时大量刷屏出现的那种，感觉上replicas 迭代试图运行，但是每一个都遇到该segmentation fault问题，单仅为猜测。 有几个问题：1 namd/2.13-multicore 是否支持 REMD simulation ? 2. 如果需要load namd/2.13-mpi, 如何运行？namd2 ? mpirun ? 3. 是否必须要通过replica exchange MD (REMD) 才能做FEP ？ 4. 关于bash/csh 的切换，是否恰当？ 谢谢！  附件1.png  附件2.png  附件3.png |
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