他们分析了26931个宏基因组，鉴定出11.7亿个长度超过35个氨基酸的蛋白质序列，与来自102491个参考基因组或Pfam数据库的任何序列没有相似性。使用大规模并行图基聚类技术，研究人员将这些...

后来，我想着从它的序列下手，在pfam上分析了它的蛋白结构域，想要找出它所属的家族，然而这个序列太短，没有明显特征的结构域，此路不通，失败。随后又尝试用各种网站分析这个基因的序列，...

我想请教一下，做基因家族分析的时候有一个蛋白的motif没有找到，但在pfam中却能找到保守结构域，这是什么情况呢

热激蛋白HSP不同种类间是否严格...比如，根据pfam在hmmsearch搜索后，得到HSP70的家族，分析这些蛋白结构域，都含有HSP70，但分子量也有20kD以下，或者100kD以上的，这种蛋白是否要给剔除掉？

各位大神，我最近在做宏基因的分析，里面有一个关于细胞色素c的分析，文献上有multi-hemec-typecytochrome，能够把有几个heme标...我们用了pfam的注释、COG注释，也在NCBI上比对了，都没找到。

求助各位大神，pfam预测结构域怎么用啊？还有那些信息比较重要，要看什么？

想问一下，我现在已知了一个结构域的PfamF01764，有办法获得他的氨基酸序列吗，怎么从pfam库中获得，不太会，谢谢

如何预测蛋白的motif和domain并且如何下载motif序列，求解，谢谢各位虫友了

Pfam？

请问拿个大神会pfam数据库使用啊

蛋白质分析软件SMART打不开，...'http://smart.embl-heidelberg.de/'PFAM倒是能打开，但是贴入蛋白序列后，一上午都没有出结果。想请教大家是怎么分析蛋白序列的，能否给个网址和教程，谢谢。

如题，按结构域找了一百多个基因，用pfam比对domain大部分都含有我要的结构域，但用cdd一比较结果就乱七八糟的什么都有，头大啊！请好心人帮忙。cdd.pngpfam.png

菜鸟一枚，想请教一下，我在Pfam数据库中下载了wrky的hmm文件，然后在大白菜数据库中做了tblastn比对，想请教一下怎么判断比对后的结果中哪些序列中有wrky结构域，escor要大于多少？...

大家怎么弄的还有没有类似的可下物种蛋白序列的网站或者可以用的浏览器biostar2009wizardfan飞约疯人院youlinglyw

求大神告知

我的pfam经常打不开，要不出现这个界面，请问各位大神，都怎么处理的？

2、为什么这三个层次没有对应的pfam号呢？3、没有pfam号，怎么预测新的家族基因成员呢？通过CDD会不会预测不出全序列？谢谢大家，我有点菜，连基因还是蛋白的编号都傻傻分不清楚，希望有人...

3、pfam建立蛋白结构域模型，这个必要么，而且pfam怎么用呢？4、不会用perl的话，可以手动筛选么，毕竟真菌的基因组比较小，写文章的时候会不会比较low？先想到这些，如果大家应助的话，...

在用pfam下载的，hmm与本地的序列比对时，运行时出现错误，显示打不开本地的蛋白库文件，本地的是fa格式，fa与fasta是一样的吗

怎么使用Pfam？找HMM什么的实在不会埃求师兄师姐帮助。

怎么使用Pfam？找HMM什么的实在不会埃求师兄师姐帮助。

最近开始接触生物信息学分析的东西，想利用黄瓜的全基因组数据库，找出全部的NAC转录因子基因，看到很多文献上都提到第一步是从pfam下载一个隐形马氏模型，头都大了

(accessionno.PF00254)fromPfamdatabase(version26.0)('http://pfam.sanger.ac.uk/)'wereretrievedandthensearchedagainstthegenomebrowserdatabaseofL.maculans...

我现在得到一条氨基酸序列，想预测下保守结构，什么的？还有别的方法不？

pfam网页打开之后用不了，总是显示浏览器需支持t，可是我检查过我的浏览器设置是支持的埃百度过解决方法，设置了浏览器工具-internet选项-安全-自定义级别-启用Java小程序脚本，在高级设置...