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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 专业学科区 » 农林 » 农林综合 » 基因家族筛选
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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

[求助] 基因家族筛选

我最近想筛选一下一种病原真菌的基因家族，看到有文献是用该家族的基因序列初步筛选的，但是也有用一致性序列（consensus sequence）初步筛选的。
那么，问题来了，
        1、一致性序列（consensus sequence）=保守结构域（ Conserved Domains）么？
        2、如果用基因序列筛选，选哪种真菌的该基因的序列较为标准呢？
        3、pfam建立蛋白结构域模型，这个必要么，而且pfam怎么用呢？
        4、不会用perl的话，可以手动筛选么，毕竟真菌的基因组比较小，写文章的时候会不会比较low？
先想到这些，如果大家应助的话，记得选应助呀，我好发金币。谢谢~~~
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1楼 2016-08-23 20:42:39
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闫雪剑
帮顶一下

发自小木虫Android客户端
2楼2016-08-24 06:19:44
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山脚下的喵

新虫 (小有名气)
好吧，大家可能觉得我的问题比较傻吧，那我想再问一下，鉴定某个物种的某个基因家族，如果该物种没有全基因组，还有必要分析么。
赞一下(1人) 回复此楼
高山自有方便路，远水自有渡河人？
3楼2016-08-28 09:50:29
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masterboyama

铁虫 (著名写手)
★ ★
山脚下的喵(晋鹏代发): 金币+2, 鼓励回帖交流~ 2017-12-17 14:36:58
没有该物种的全基因组，应该是没有说服力，只能利用相近物种的参考基因组了。或者你自己测上10-50的PCR阳性单克隆，整理分析一下序列
赞一下 回复此楼
4楼2017-12-16 15:34:44
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