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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

[求助] 基因家族筛选

我最近想筛选一下一种病原真菌的基因家族,看到有文献是用该家族的基因序列初步筛选的,但是也有用一致性序列(consensus sequence)初步筛选的。
那么,问题来了,
        1、一致性序列(consensus sequence)=保守结构域( Conserved Domains)么?
        2、如果用基因序列筛选,选哪种真菌的该基因的序列较为标准呢?
        3、pfam建立蛋白结构域模型,这个必要么,而且pfam怎么用呢?
        4、不会用perl的话,可以手动筛选么,毕竟真菌的基因组比较小,写文章的时候会不会比较low?
先想到这些,如果大家应助的话,记得选应助呀,我好发金币。谢谢~~~
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高山自有方便路,远水自有渡河人?
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2楼2016-08-24 06:19:44
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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

好吧,大家可能觉得我的问题比较傻吧,那我想再问一下,鉴定某个物种的某个基因家族,如果该物种没有全基因组,还有必要分析么。
高山自有方便路,远水自有渡河人?
3楼2016-08-28 09:50:29
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masterboyama

铁虫 (著名写手)

★ ★
山脚下的喵(晋鹏代发): 金币+2, 鼓励回帖交流~ 2017-12-17 14:36:58
没有该物种的全基因组,应该是没有说服力,只能利用相近物种的参考基因组了。或者你自己测上10-50的PCR阳性单克隆,整理分析一下序列
4楼2017-12-16 15:34:44
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