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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

[交流] 基因家族分析

我想请教的问题是
1、在这个基因家族里，是不是最上面的cd00084包含了最下面的三个层次？
2、为什么这三个层次没有对应的pfam号呢？
3、没有pfam号，怎么预测新的家族基因成员呢？通过CDD会不会预测不出全序列？
谢谢大家，我有点菜，连基因还是蛋白的编号都傻傻分不清楚，希望有人指条明路~~~
感激不尽~~~
第一个图片截的不全。

基因家族分析


基因家族分析-1
捕获.JPG
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1楼 2016-09-06 11:20:11
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baijunhua

至尊木虫 (文坛精英)
★
山脚下的喵(金币+1): 谢谢参与
祝福祝福发祝福，祝福lz
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17楼2016-09-07 08:51:27
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wywahh

新虫 (初入文坛)
★
山脚下的喵(金币+1): 谢谢参与
同问，顶！d=====(￣▽￣*)b
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19楼2016-10-29 23:07:35
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ThistleQ

新虫 (初入文坛)
★
山脚下的喵(金币+1): 谢谢参与
可不可以请问一下 已知拟南芥和水稻中一个基因家族 怎样鉴定玉米中该基因家族啊
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20楼2016-12-05 22:38:50
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山脚下的喵

新虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by ThistleQ at 2016-12-05 22:38:50
可不可以请问一下 已知拟南芥和水稻中一个基因家族 怎样鉴定玉米中该基因家族啊

你好，我是从一片文献里找到的我想要的基因家族的保守氨基酸序列（文章中是从几百个物种的该家族的序列中比对出来保守氨基酸序列），然后从我做的物种的基因组里比对得到的。我记得也有文章用pfam号，用HMMER搜索得到的。http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420135241403623/。但是我不会用这个呢，嘿嘿。你可以再问问别人。
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21楼2016-12-06 09:04:27
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tangbohejin2楼
2016-09-06 11:23   回复  
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dsctg3楼
2016-09-06 11:50   回复  
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跟屁虫de闹钟4楼
2016-09-06 12:25   回复  
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1
tzynew5楼
2016-09-06 12:27   回复  
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超级老快6楼
2016-09-06 12:32   回复  
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fdzjm7楼
2016-09-06 12:52   回复  
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天涯20128楼
2016-09-06 13:02   回复  
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zhoushanqun9楼
2016-09-06 13:06   回复  
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miaojiabing10楼
2016-09-06 13:09   回复  
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hydzp11楼
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a
laom201312楼
2016-09-06 13:17   回复  
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xinbanshu13楼
2016-09-06 13:48   回复  
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怕哦哦哦14楼
2016-09-06 14:18   回复  
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youngen15楼
2016-09-07 07:55   回复  
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xhmaohan16楼
2016-09-07 08:34   回复  
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qqllqq18楼
2016-09-07 08:52   回复  
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nono200922楼
2021-09-21 15:24   回复  
山脚下的喵(金币+1): 谢谢参与
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