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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

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[交流] 基因家族分析

我想请教的问题是
1、在这个基因家族里，是不是最上面的cd00084包含了最下面的三个层次？
2、为什么这三个层次没有对应的pfam号呢？
3、没有pfam号，怎么预测新的家族基因成员呢？通过CDD会不会预测不出全序列？
谢谢大家，我有点菜，连基因还是蛋白的编号都傻傻分不清楚，希望有人指条明路~~~
感激不尽~~~
第一个图片截的不全。

捕获.JPG

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1楼 2016-09-06 11:20:11

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山脚下的喵

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

20楼: Originally posted by ThistleQ at 2016-12-05 22:38:50
可不可以请问一下已知拟南芥和水稻中一个基因家族怎样鉴定玉米中该基因家族啊

你好，我是从一片文献里找到的我想要的基因家族的保守氨基酸序列（文章中是从几百个物种的该家族的序列中比对出来保守氨基酸序列），然后从我做的物种的基因组里比对得到的。我记得也有文章用pfam号，用HMMER搜索得到的。http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420135241403623/。但是我不会用这个呢，嘿嘿。你可以再问问别人。