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作者
最后发表
分子模拟
Lammps
超临界水模拟求助
先借助
MS
软件对水分子进行建模，建模时水分子密度设定为0.412g/cm3（根据NIST数据库数据得出658K、26MPa下超临界水的密度），水分子数为2048个，暂时选取cvff力场，导出后转换成
lammps
可以...
Gavi_6
2025-03-12 12:10
分子模拟
MS
建模转换为
Lammps
需要的
data
文件
使用
MS
建立了一个二氧化碳分子和255个水分子，施加力场后导出，使用msi2lmp转化为
data
文件，为什么错误呢，怎么解决？oxox6085smutao
lyass
2024-03-03 01:15
分子模拟
聚合物在
LAMMPS
退火后，在模拟盒子中分布不均匀，有很多空隙
各位好，向各位请教一下，我通过
MS
对聚合物进行建模，转化成
data
文件后，在
LAMMPS
进行退火，但退火之后模拟盒子中的聚合物有很多的空隙，分布不均匀(不好意思，由于图片无法很好展示空隙，...
wudiya
2023-11-27 12:29
分子模拟
关于
ms
建立固——气吸附模型的问题
我用
ms
建立模型然后转换格式到
lammps
进行计算。想要实现的是在一个盒子的中间放入nacl固体，然后周围分布水分子。目前正方体颗粒是可以实现的，但是不清楚具体的...5.输出car文件转为
data
。...
蓝白猫
2020-12-04 11:08
分子模拟
Unable to find*
data
for*的问题
在我使用msi2lmp.exe把
MS
建模导入
LAMMPS
生成.
data
文件时，遇到了如上的报错，意思是缺少相关键的信息，bond、angle，dihedral，torsion单独的含义我都知道，相关信息在文献中查阅即可。...
ducisi1179
2020-11-30 12:29
分子模拟
ms
中模型如何导出
lammps
（Windows系统下安装）可读
data
文件
ms
中模型如何导出
lammps
（Windows系统下安装）可读
data
文件
半寸日光
2020-11-24 04:51
分子模拟
MS
建立的模型如何转化为除cvff力场以外的
LAMMPS
data
文件？
ms
建立的模型中含有高分子聚合物和无机物，导出car文件后使用
lammps
中的msi2lmp工具转化为
data
文件，试了几个力场文件，好像只有用cvff转换的
data
文件中有数据（但有缺失），其他的诸如opls...
panyuk
2020-11-11 05:33
分子模拟
msi2lmp转换的
data
文件导入
lammps
时出错
求教，我在
MS
里建了烷烃分子模型，用msi2lmp工具转换为
data
格式后导入
lammps
，结果出现了“bondsdefinedbutnobondtypes”问题，我感觉
data
文件没什么问题呀。网上相关的信息有点少，之前也...
ien883958
2020-10-19 07:40
分子模拟
material studio模型导出到
lammps
的
data
文件
我采用materialstudio构建环氧树脂和碳纳米管的混合模型，在做结构...没有键角信息，所以想请教各位大神，诸位在将
MS
模型导出
data
文件到
lammps
里面都是用的什么方法，还望不吝赐教，万分感谢。
笔逆流年
2020-07-06 12:55
计算模拟
MS
粗粒化怎么得到
data
文件导入
lammps
我画了聚乙烯链然后两个碳粗粒成一个珠子，（CG）问题是
data
文件怎么导出？要不就出不来，出来啦里面啥也没有？文件是car格式吗？还是粗粒的不一样？
可怜的俊俊
2020-07-05 01:45
硕博家园
lammps
跑添加虚原子的氧气和甲烷在石墨烯上的扩散，一直会显示的...
echoscreenunitsrealatom_stylefullboundarypppread_
data
7.000.dataneighbor2.0binneigh_modifyevery2delay4checkyespair_...restartrestart.1timestep0.5run1000000用
MS
建的模型，手动把...
非常小无礼
2020-01-10 04:20
硕博家园
求助
lammps
跑完程序用ovito看不到键
用
MS
建完初始模型转换成
lammps
可用
data
文件，用ovito看初始模型的时候有原子和键，但是利用
lammps
进行单轴拉伸后输出的文件用ovito打开只有原子的信息，看不到键了，请问怎么才能看到键，...
陈昂
2019-07-24 08:36
分子模拟
MS
转
lammps
只能P1格式，在
lammps
中是否影响fcc格式的计算
菜鸟新手，从
MS
中建立了fcc的金属氧化物，但由msi2lmp转
data
格式时不能用对称体，只能转成P1形势才能导出
data
文件，虽然
lammps
里没有p1结构，但想知道这样在
lammps
里计算是否会影响结果，...
yc9316
2019-07-17 01:58
分子模拟
LAMMPS
-gromacs 资料
“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”分子模拟入门理论...并转换成
lammps
的
data
文件从examples的简单例子，到完成自己的科研课题环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)具体内容请看下方...
Wanghahax
2019-04-26 02:35
分子模拟
LAMMPS
-gromacs 资料
“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”分子模拟入门理论...并转换成
lammps
的
data
文件从examples的简单例子，到完成自己的科研课题环氧树脂在二氧化硅表面吸附建模(CVFF力场)具体内容请看下方...
Wanghahax
2019-04-25 03:51
分子模拟
LAMMPS
,CHARMM-gen force field,topology file builder,PDB to ...
可能有时候大家会觉得有机物的
data
结构文件搭建比较费时，所以会用一些软件进行从pdb到
data
的...但是，
MS
也好，其他软件也好，总有找不到信息的时候，因为ff数据库不可能涵盖所有原子种类。...
乐石|
2019-03-18 10:17
分子模拟
lammps
运行出错：bond atoms missing
用
ms
构建si和水结构，在生成
data
文件，但是运行
lammps
总是出现：bondatoms10591065missingonproc0atstep51(./ntopo_bond_partial.cpp:64)的错误…实在摸不着头脑，请各位大神指点一下谢谢...
luckied
2019-02-27 01:27
分子模拟
MS
输出
data
文件
请教各位，我在materialstudio里面建模（分配了cvff力场，看网上说需要这样先分配一下cvff，后面才可以转成
data
文件）然后...我在
MS
里面分配的cvff会和在
lammps
里面使用的tersoff冲突吗？...
luckied
2019-02-26 02:23
分子模拟
MS
建模转化成
data
文件时出现错误
各位大佬，我用
MS
做了一个模型，是金属颗粒和PDMS分子的混合物，然后使用msi2lmp转化
data
文件时出现了错误，找不到一些键的信息，...D:\ProgramFiles\
LAMMPS
64-bit7Dec2018\frc_files\cvff....
Myprayert
2019-01-23 08:18
分子模拟
lammps
)关于tio2的in文件和
data
文件
(
lammps
)关于tio2的in文件和
data
文件例子，不知道
data
文件怎么写
MS
对其倒入立场的时候
MS
内无适合tio2的立场啊求大神指导
艳艳好01
2018-11-22 02:39
分子模拟
ms
建模导入
lammps
出现问题
打算用
lammps
模拟晶体，在用
MS
建模后，只能选择dreiding势...然后在将
MS
的输出文件转lammp所需的
data
文件时，发现，
lammps
没有dreiding.frc这个文件。听说这个可以下载，求高手详细指点，跪谢
Rookie_y
2018-09-08 04:16
分子模拟
lammps
的输入
data
文件怎么样才能包含键位信息？
请问一下各位大神，我在
lammps
里面想使用morse势函数，例如bond_stylemorsebond_coeff51.02.01.2我的输入文件是从
MS
导出的pdb文件，然后用VMD转化成的
data
文件，可是发现里面不含键的信息，...
举重若轻I
2018-08-31 01:04
分子模拟
Ms
坐标文件转换成
lammps
的
data
文件的相关问题
小弟新手，使用materialstudio建立了一根碳纳米管的模型并且导出了car和mdf文件，但是msi2lmp这个转换工具不知道怎么用。请知道的大佬详细说说
亲爱的坏小孩
2018-07-16 09:39
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