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乐石||木虫 (正式写手)
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[交流]
LAMMPS, CHARMM-gen force field, topology file builder, PDB to DATA 已有1人参与
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可能有时候大家会觉得有机物的data结构文件搭建比较费时，所以会用一些软件进行从pdb到data的自动转换。但是，MS也好，其他软件也好，总有找不到信息的时候，因为ff数据库不可能涵盖所有原子种类。Amber会稍好一些, 因为它只关心原子和几个原子相连，不太关心和谁相连，但是这样可能会降低准确度。如果你用charmm ff的话，可以参照我写的python代码。力场参数文件为par_all36_cgenff.prm。 https://github.com/yangl9/topobuilder/ 该代码也只能够实现从pdb到data转换的半自动化。因为任何时候，par_all36_cgenff.prm是不能给出所有原子种类信息的，这种参数测试工作太耗时了。这时我们需要做一些比较靠谱的近似，cgenff就可以给出和你想要的结构差不多的而且存在于par_all36_cgenff.prm文件中的立场参数。但是问题在于cgenff有时给出的信息也非常不靠谱，比如penalty超过50.（ https://cgenff.paramchem.org/commonFiles/newsEvents.php）这时我们需要手动更正一些信息，这就是半自动化。 我的代码能够自动从par_all36_cgenff.prm搜取已存在的信息，而对于那些不存在的，允许手动输入。当你输入键的信息之后，代码会根据所输入键（1-2）的信息去找其所对应的角的力场参数（1-2-3）；如果你输入了角（1-2-3）的信息，代码会根据所输入角的信息去找相关dihedral的力场参数（1-2-3-4）。（如果存在一个dihedral对应多行信息的情况，也需要去手动更正。） 有任何问题欢迎随时反馈，邮箱请见代码首行。 18.03.2019 |
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