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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » lammps的输入data文件怎么样才能包含键位信息？
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举重若轻I

新虫 (小有名气)

[交流] lammps的输入data文件怎么样才能包含键位信息？

请问一下各位大神，我在lammps里面想使用morse势函数，例如
bond_style morse
bond_coeff 5 1.0 2.0 1.2
我的输入文件是从MS导出的pdb文件，然后用VMD转化成的data文件，
可是发现里面不含键的信息，请问一下data文件怎么样才能包含键位信息和原子信息？
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1楼 2018-08-31 09:26:04
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cl1994861

金虫 (小有名气)
★
举重若轻I(金币+1): 谢谢参与
如果是用MS导出数据的话，可以试一下用lammps里的msi2lmp导出data文件，不过我不清楚能否导出morse势，但可以导出原子的位置信息
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2楼2018-08-31 09:30:57
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Nater1ver

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
包含不了，msi2lmp作者已停止更新，并且缺少很多种键型数据，转换时最多只能保证键、键角、二面角的位置，键能、长、键角信息需要你参考文献，自己手动输入，在使用时加入-ignore参数你就可以自己输入，注意删除转换后data文件中的lj/cut/coul/long力场信息

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8楼2018-08-31 12:02:02
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S-Loser

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，我模拟的是材料的力学性能，也是用MS转pdb文件，再用VMD转data文件，转出来的也没有键角、二面角信息，想问问楼主你是怎么解决的
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9楼2019-04-02 19:57:07
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buddyh

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
morse这个势我也用，楼主涉及这个势的计算是不是很慢呀

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10楼2019-04-02 23:12:52
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kevin_lt77

铁虫 (小有名气)
同问
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11楼2020-03-10 06:36:26
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nono20093楼
2018-08-31 09:30   回复  
举重若轻I(金币+1): 谢谢参与
·
tzynew4楼
2018-08-31 09:43   回复  
举重若轻I(金币+1): 谢谢参与
tableman5楼
2018-08-31 10:43   回复  
举重若轻I(金币+1): 谢谢参与
sz_kebaoyuan6楼
2018-08-31 11:51   回复  
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youngen7楼
2018-08-31 12:00   回复  
举重若轻I(金币+1): 谢谢参与
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