| 查看: 1850 | 回复: 4 | ||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者大爷给跪了将赠送您 2 个金币 | ||
[求助]
测转录组遇到的一个问题 求高手解答已有1人参与
|
||
|
最近在华大测了个转录组，基本所有东西都是分析好的 在看数据的时候遇到一个问题： 没有参考基因组，得到几万个unigene。现在用Nr数据库注释到的基因比如是n个，但是同时用Nr数据库预测CDS的时候，居然<n,这种情况怎么理解 我想的是基因注释做blast，unigene和NR库里的数据比对，哪怕不在CDS区也算是注释上？可能在非编码区比对上了也就算注释上了。 还有 我得到的cds序列不是从起始密码子开始，是不是转录组CDS预测不一定得到完整的cds 因为涉及到数据注释的一些问题了，也不太了解，求高手解答 |
回复此楼» 猜你喜欢
球磨分散剂
已经有4人回复
-
阴阳离子交换剂！！！！
已经有3人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有59人回复
-
二苄基磷酰氯，磷酸接酚羟基，
已经有11人回复
-
二苄基磷酰氯，磷酰氯
已经有10人回复
-
酸酐或者羧酸酰氯化
已经有15人回复
-
酚羟基接入磷酸，磷酸酯化
已经有26人回复
-
土壤中可溶性有机碳种类
已经有1人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请问转录组测序中的index是什么意思，与adapter有什么区别？
已经有6人回复
- 基因芯片和测序的区别于联系。
已经有10人回复
- 测序测不出来，求高手解答
已经有7人回复
- 请教，有转录组高通量测序的得到的差异表达基因，筛选几个基因出来进行功能鉴定
已经有9人回复
- 求助转录组测序完成后，后续荧光定量、基因克隆引物设计问题
已经有8人回复
- 转录组测序问题集锦（转）
已经有20人回复
- 有没有人做过植物方面的转录组测序？
已经有5人回复
- SOS，求助，NCBI上引物比对问题
已经有6人回复
- 求转录组测序相关文章
已经有14人回复
- 酶标仪使用遇到的一些问题
已经有3人回复
- 有关转录组测序的两个问题，谢谢！
已经有3人回复
- 转录组测序回来后。。。。。。。。。。
已经有3人回复
- 转录组测序后的序列在NCBI上BLAST后遇到的一些问题，求解答
已经有5人回复
- 转录组测序投稿
已经有5人回复
- 急！急！急！对转录组测序结果进行验证，如何选定基因
已经有9人回复
- 转录组测序还是基因组测序？
已经有6人回复
- 请教转录组测序公司哪家好？
已经有5人回复
- 《求助》 转录组样品，混合与分开测序的区别？！！！
已经有13人回复
- Illumina solexa转录组测序
已经有8人回复
- 植物转录组测序
已经有19人回复
- 转录组测序 可行性
已经有12人回复
- 求高人翻译关于水稻转录组测序的一段摘要
已经有1人回复
- 求助转录组测序相关标书
已经有5人回复
- 求助 高通量测序
已经有3人回复
- 反转录高手进来~~
已经有8人回复
- 【求助/交流】转录组RNA高通量测序价格
已经有8人回复
- 【求助/交流】NCBI blast 具体
已经有8人回复
growlywolf
金虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3077
- 散金: 1111
- 红花: 10
- 帖子: 233
- 在线: 87.2小时
- 虫号: 2454017
- 注册: 2013-05-08
- 专业: 生物信息学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
大爷给跪了(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
感谢参与，应助指数 +1
大爷给跪了(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2014-05-06 18:06:17
|
第一，ncbi nr数据库不是万能的，很多基因，尤其是近年来高通量测序得到的基因并不包含在该数据库中。 第二，unigene是用转录组测序的结果直接拼接然后去冗余得到的，在进行注释的时候，不仅仅是参考nr数据库。在数据库中没有同源序列，但有RNA-Seq数据支持的也算unigene，注释可能就是unknown protein. 第三，RNA-Seq是要把cDNA打断后建立短片段测序文库，因此不一定能拼接出完整的转录本。另一方面，真实的cDNA也是有UTR的，不是从ATG开始。 |
2楼2014-05-06 11:44:14
3楼2014-05-06 16:57:09
growlywolf
金虫 (小有名气)
- 应助: 39 (小学生)
- 金币: 3077
- 散金: 1111
- 红花: 10
- 帖子: 233
- 在线: 87.2小时
- 虫号: 2454017
- 注册: 2013-05-08
- 专业: 生物信息学
4楼2014-05-07 09:29:44
5楼2015-09-29 18:32:18
20