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急！急！急！对转录组测序结果进行验证，如何选定基因
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急！急！急！转录组测序后，得到大量差异表达的基因，现在要对差异表达的基因做实时定量PCR验证，有点迷茫了，那么多差异表达的基因应该怎么选呢？ 可以按以下原则选吗？ 1 差异表达的倍数，倍数越高越好 2 p值和FDR值越小越好，有很多是0的，那是不是选2者值均为0的呢 3 选择的基因是否要在两个样本中都表达呢？有的差异倍数很高，但是只在一个样本中表达，在另一个中表达量为0，这样的可以选择做验证吗？ 有没有哪位大侠做过此类实验，请不吝赐教！ |
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2楼2013-04-10 21:46:50
foreverlukel
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首先希望你不只是为了验证而验证，最好还有其他意义，这样就要看你选什么样的基因了。 其次你说的那些条件都算在挑选基因的原则，但只是最开始筛选基因的原则，等把基因找到了之后，也许这个基因都设计不出来合适的引物，所以可以找到基因后看看能不能按照实时定量引物设计原则设计出好的引物。 最后你说的在一个样本中表达，在另一个样本中表达，这不正是你想要的差异么，实时定量就是为了看他表达的动态过程。转录组测序得到的基因表达量只能作为参考，不能下定论，所以刚才你说的在另一个样本中不表达也是不一定的事，都要经过验证的。 祝楼主成功发表好文章！  |
3楼2013-04-25 15:25:58
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shucanwei
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