24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
查看: 1150  |  回复: 9
【悬赏金币】回答本帖问题,作者meng199102将赠送您 5 个金币

meng199102

新虫 (小有名气)

[求助] 10几个碱基杂交能不能用PAGE电泳跑出来?已有2人参与

最近跑胶跑到怀疑人生了。现求助万能的虫友,我的实验如下:
两条单链分别是30和60个碱基,但是只有连续12个碱基是互补的,我想通过电泳证明他们确实杂交了。目前试过10-20%的非变性PAGE胶和琼脂糖胶了,退火后室温静置2-3小时,loading dye 都跑出来,也没有显示出杂交带。有没有小伙伴有相关经验求告知,求分享啊!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

petty04

新虫 (职业作家)

★ ★
渊博震天: 金币+2, 鼓励积极回帖交流 2018-06-27 08:39:39
4℃跑胶,低电压长时间跑,胶里要加Mg离子,应该可以跑出杂交条带

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2018-06-27 08:33:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

张青峰

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
meng199102: 金币+15, 有帮助 2018-06-27 23:19:57
感觉有难度,12个碱基Tm值是多少?两条链有没有二级结构?如果两条单链自身形成的二级结构Tm较高,很难形成双链。
也只能试试了,像二楼说的加Mg2+。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2018-06-27 10:24:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meng199102

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by petty04 at 2018-06-27 08:33:22
4℃跑胶,低电压长时间跑,胶里要加Mg离子,应该可以跑出杂交条带

谢谢你的建议!有试过100 v跑2小时, 没试过低温跑。试过杂交的时候加Mg,请问胶里加Mg是防止跑胶的时候解链吗?
4楼2018-06-27 23:06:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meng199102

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by 张青峰 at 2018-06-27 10:24:27
感觉有难度,12个碱基Tm值是多少?两条链有没有二级结构?如果两条单链自身形成的二级结构Tm较高,很难形成双链。
也只能试试了,像二楼说的加Mg2+。

非常感谢!还真没想过Tm的问题,其中有一条链有二级结构。只能先试试低温加Mg跑了。之前还有看到文献说用变性PAGE胶跑的,到时候都试试。
5楼2018-06-27 23:19:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meng199102

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by petty04 at 2018-06-27 08:33:22
4℃跑胶,低电压长时间跑,胶里要加Mg离子,应该可以跑出杂交条带

按你说的试了,果然能跑开。再次感谢
6楼2018-06-29 03:20:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lapt

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
meng199102: 金币+10, ★★★很有帮助 2018-07-04 02:11:08
镁离子可以稳定双链的形成,建议跑胶条件与反应条件保持一致,推荐用5mM镁离子以上,都可以试试
7楼2018-07-03 16:19:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

meng199102

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lapt at 2018-07-03 16:19:28
镁离子可以稳定双链的形成,建议跑胶条件与反应条件保持一致,推荐用5mM镁离子以上,都可以试试

谢谢!不过我一直试到20 mM 镁离子才有效果,我看别人基本10mM就能行,不知道是不是有什么其他问题
8楼2018-07-04 02:12:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lapt

木虫 (正式写手)

你可以使用IDT网站计算双链杂交的反应焓变,模拟杂交,看是不是反应本身的问题。

发自小木虫Android客户端
9楼2018-07-05 09:31:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨后春笋!

银虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by lapt at 2018-07-05 09:31:46
你可以使用IDT网站计算双链杂交的反应焓变,模拟杂交,看是不是反应本身的问题。

你好,我想问一下那个IDT网站怎么用的,我不知道怎么计算两条杂交链的反应焓变,求指教

发自小木虫Android客户端
10楼2018-09-14 11:56:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 meng199102 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[有机交流] 如何分离原料与产品 5+4 qwerasdf587 2024-04-24 12/600 2024-04-26 17:58 by 小肉干
[论文投稿] with editor 两个月了,什么原因? +7 yiersan9 2024-04-24 15/750 2024-04-26 16:13 by jonewore
[硕博家园] 博士白读了 +44 Da_Meng_Zi 2024-04-21 48/2400 2024-04-26 15:59 by s150535912
[考博] 申博求助 +4 dskabdh 2024-04-24 11/550 2024-04-26 15:54 by dskabdh
[教师之家] 博士论文被抄袭 +25 和尚敲小木鱼 2024-04-22 42/2100 2024-04-26 13:55 by ZHONGWU_U
[考博] 25年博士申请 +6 Changzixuan 2024-04-25 11/550 2024-04-26 13:48 by 我属驴核动力驴
[硕博家园] 考研,求职还是考编? +15 xizj 2024-04-21 24/1200 2024-04-26 11:49 by Kan客
[教师之家] 刚博士毕业,入职普通一本高校 +19 保持肌肤 2024-04-20 20/1000 2024-04-26 09:16 by zhaojp918
[考研] 没学上 +4 季向阳 2024-04-26 8/400 2024-04-26 08:52 by 18975788067
[论文投稿] Nature一直在编辑手里,考虑好几天了,是悬了吗 +12 彩虹初见 2024-04-24 12/600 2024-04-25 19:21 by 雪径踏青
[教师之家] 期末给学生划重点都是什么话术啊 +16 luokereng 2024-04-20 18/900 2024-04-25 15:46 by BusyGer
[论文投稿] 一直找不到审稿人 +5 lizhengke06 2024-04-21 6/300 2024-04-25 14:01 by chongdong
[硕博家园] 聊天 +11 暮色恋伊人 2024-04-22 12/600 2024-04-25 13:53 by UCTS
[博后之家] 南京大学-广州大学联合招聘博士后 欢迎广大优秀人才!!! +4 黑魔变身啾 2024-04-20 12/600 2024-04-25 11:18 by dodonaomi
[访问学者] CSC的访问学者申请,没有个评审意见,也不知道怎么改,还有必要申请吗 +4 flyingship 2024-04-20 4/200 2024-04-24 21:09 by 59038mute
[考博] 24年 申博 化学/材料 一作6篇sci +9 wangyp123 2024-04-23 11/550 2024-04-24 19:01 by bangbangbiu
[教师之家] 大家访学都是怎么找的啊? +3 luokereng 2024-04-22 3/150 2024-04-24 11:40 by xuechenli
[论文投稿] 期刊推荐 20+4 木颜尘ip 2024-04-22 7/350 2024-04-24 10:06 by bobvan
[考博] 申博成果界定是根据Jcr分区还是中科院分区 +4 我属驴核动力驴 2024-04-22 5/250 2024-04-24 08:47 by 晓目崇
[论文投稿] 研究光催化的,好中的三四区 20+3 sl.0117 2024-04-20 3/150 2024-04-22 09:53 by bobvan
信息提示
请填处理意见